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目的从分子水平阐明安徽省人感染H9N2亚型禽流感病毒与环境中和禽类动物中流行的H9N2病毒之间的相互关系,寻求人类的感染来源,掌握该病原在环境和禽类动物中的基因进化情况及分子特征,为禽流感病毒的防控以及新型流感病毒的预防提供科学的理论依据。方法选择合肥市、阜阳市、马鞍山市和东至县为禽流感环境病原学监测地区并设立城乡活禽市场、家禽规模养殖场(户)、家禽散养户集中地区、家禽屠宰加工厂和野生禽鸟栖息地为具体监测点。本研究在2013~2015年期间从以上监测点和疫情处置中采用鸡胚分离技术,获得18株H9N2亚型禽流感病毒,并对2例人源H9N2病毒和18株外环境和禽源H9N2病毒的HA、NA、MP、NS、NP、PB2和PA基因进行反转录PCR扩增和测序。在美国国家生物技术信息中心(NCBI)和全球禽流感基因共享数据库(GISAID)中下载H9N2、H7N9和H10N8、H5N6等参考毒株序列,使用分子生物信息学软件解析我省20株H9N2毒株全基因组特征。结果我省首次报道人感染H9N2亚型禽流感病毒,并获得2株人源H9N2病毒(AH/33329和AH/43269)。AH/33329的PA基因片段和AH/43269的PB1、M、NS基因片段均与2013年上海、江苏、浙江发现的H7N9亚型禽流感病毒同源性最高,相似度均为99%;其余基因片段与江西、江苏、山东、湖南、上海、浙江等地2013~2014年流行的H9N2禽流感病毒相似度亦为99%。AH/33329毒株HA、NA、MP、NP、NS、PA、PB1和PB2各个基因片段与2013~2015年安徽省环境和禽源样本中分离的H9N2禽流感病毒各基因片段相似度分别为95.2%~98.9%、93.3%~99.8%、97.8%~100%、94.7%~100%、95.3%~99.3%、96.5%~100%、96.4%~99.9%和95.6%~99.9%;而AH/43269毒株各基因片段相似度分别为95.2%~98.6%、94.3%~98.3%、97.2%~99.3%、94.6%~99.1%、95.6%~99.2%、96.7%~99.1%、96.4%~98.7%和95.4%~99.5%。本研究中20株H9N2毒株的HA、NA、NP、NS、PA、PB1基因片段均由F/98类似株进化而来,均已明显进化为不同于F/98类似株的独立分支;而MP和PB2基因片段均由G1型类似株进化而来,也已进化为独立分支。通过HA蛋白分析显示我省人源、外环境和禽源H9N2病毒均符合低致病性禽流感病毒特征,但受体结合位点均发生Q226L突变,具有哺乳动物分子受体结合特征,增加了感染哺乳动物的可能性;20株H9N2禽流感病毒受体结合位点183位均发生H183N突变,190位点存在T和A两种氨基酸形式,存在一定的飞沫传播能力;人源H9N2病毒和2015年后分离的H9N2禽流感病毒HA蛋白在145~147和218~220均没有糖基化位点,且都只有7个糖基化位点,而2013~2014年均为含有8个糖基化位点的H9N2毒株。NA蛋白分析显示20株H9N2毒株的63~65位均缺失TEI三个氨基酸。且唾液酸结合位点变异幅度不大,366~373位IKNGSRSG,仅08829/13为IRNGSRSG,399~404位为DSDDWS,也是08829/13发生变化为DSENWS,而所有毒株在431~433为均为PQE。NA蛋白69、86、146、200和234位糖基化位点相对保守,所有毒株均未发现奥司他韦或扎那米韦耐药位点R292K的突变。所有H9N2病毒均携带S31N突变,表明这些毒株均对于金刚烷胺类耐药。有18株毒株发生促进病毒适应哺乳动物PB2-A588V突变,包括2株人源H9N2禽流感病毒。PB1蛋白的I36V突变不仅在20株H9N2病毒中均有发现,且该突变也发生在江西H10N8毒株和安徽、上海首次发现的H7N9毒株中。20株H9N2毒株中PA蛋白的356和409位均突变为R和N(AH/43269的356位为K),且100位有4株毒株突变为A,包括一株人源H9N2(AH/33329)。结论通过对我省人感染H9N2病例开展分子特征研究,掌握了2013~2015年间安徽省人源、禽源和外环境中H9N2病毒分子特征,这些病毒仍为典型的低致病性禽流感病毒。两例人感染H9N2亚型禽流感病毒与我省2013~2015年间分离的外环境和禽源H9N2亚型禽流感病毒高度同源,且两株人源H9N2病毒HA和NA蛋白糖基化位点分布状况与我省2015年间外环境和禽源中分离的H9N2病毒更为类似,所有毒株均具备了能与哺乳动物受体相结合的分子特征,大部分毒株在分子水平也具备了从禽到哺乳动物的感染能力,因此需密切关注该亚型毒株的分子进化和基因重配情况。