高等教育是一个国家人力资源开发与科学技术发展的主要因素,对于国家的兴旺发达有着重要的影响。高等教育财政拨款为高校的建设提供资金保障,是高校能够维持运行不可或缺的因素。近年来,广西区经济发展迅速,市场对人才有很大的需求,而区内高校毕业生却面临就业难的情况,原因之一在于高校专业结构设置不合理。在2016年,广西区高等教育财政拨款机制改革将原先的按照“人员经费+公用经费+专项资金”的投入型拨款机制改为按照“生均定额+专项拨款+绩效奖补”的绩效型拨款机制。生均定额根据不同专业设置不同系数进行折算,专业经费由强基计划和创优计划组成,绩效奖惩是主管部门根据高校对于强基创优计划的完成情况绩效评估来进行奖惩。这样的财政拨款机制改革对于高校专业结构优化起到了很大的促进作用。但由于高等教育财政拨款机制改革还处于实行初期,还存在不完善的方面如:生均定额的计算方法缺乏灵活性,强基计划在支持高端人才引进方面以及创优计划在扶持高校新专业设立方面力度还不够,绩效奖惩的评估标准没有考虑到社会反馈等。笔者从高校优化专业结构为出发点,提出在基本运行经费方面要区别对待,强基计划需要在高校高端人才引进上加强资金支持,创优计划根据每年高校新专业的设立进行动态调整,绩效奖惩的评估过程中加入对社会贡献度因素,经过这些方面的完善,构建出以高校专业结构优化为导向的高等教育财政拨款机制。