为进一步掌握青海省流行的棘球绦虫线粒体DNACOI基因和NDI基因的遗传差异性，明确棘球绦虫在青海省主要终末宿主的感染流行状况。本文以采集的棘球绦虫（Echinococcus）成虫为研究对象，分别PCR扩增棘球绦虫线粒体DNA COI基因片段和NDI基因片段，直接测序进行基因多态性分析，旨在获取相应的遗传学差异信息。本研究在青海省共搜集得感染野生狐狸和藏犬的棘球绦虫分离株22株，经PCR扩增和DNA测序，从22个棘球绦虫分离株中均扩增获得363bp的mtDNACOI基因片段。该基因片段的聚类分析表明，在22个棘球绦虫分离株中，10株分离株为细粒棘球绦虫G1型（Echinococcus granulosus I, E.granulosus G1），8株为多房棘球绦虫（Echinococcus multilocularis, E.m），4株为石渠棘球绦虫（Echinococcus shiquicus, E.s）。10株多房棘球绦虫株间同源性为99.2%～100%；8株多房棘球绦虫株间同源性为98.7%～100%；4株石渠棘球绦虫株间同源性为99.2%～99.8%。E.granulosus G1型与E.m型株间同源性为86.8%～89.2%，E.granulosus G1型与E.s型株间同源性为88.3%～89.5%，E.s型与E.m型株间同源性为88.1%～90.1%。E.granulosus G1型有6个不同的核苷酸序列，发现5个位点核苷酸发生碱基置换，约占分析位点总数的1.38%，基因序列间差异值在0%～0.8%之间；E.m型，有4个不同的基因序列，发现5个位点核苷酸发生碱基置换，约占分析位点总数的1.38%，基因序列间列差异值在0%～1.3%之间；E.s型，有4个不同的基因序列，存在的6个核苷酸序列碱基置换位点，约占分析位点总数的1.65%，基因序列间列差异值在0.2%～0.8%之间。种内变异率小于1.3%,种间变异率大于9.9%。经PCR扩增和DNA测序，从22个棘球绦虫分离株中扩增获得507bp的mtDNA NDI基因片段。该基因片段序列的聚类分析，与COI基因片段的聚类分析获得了一致的结果。E.granulosus G1型，有5个不同的核苷酸序列，发现10个碱基置换位点，约占分析位点总数的1.97%，基因序列间差异值在0%～1.0%之间；E.multilocularis型，存在4个不同的基因序列，共8个碱基置换位点，约占分析位点总数的1.58%，序列间差异值在0%～0.7%之间；E.shiquicus型，存在4个不同的基因序列，共有12个碱基置换位点，约占分析位点总数的2.37%，序列间差异值在0.2～1.18%之间。种内变异率小于1.0%,种间变异率大于15.6%。