基于TCGA数据库肝内胆管细胞癌的4-mRNA预后风险模型构建

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目的:肝内胆管细胞癌(Intrahapetic cholangiocinoma,ICC)具有起病隐匿、恶性程度高、治疗效果差等特点,目前对于肝内胆管细胞癌诊断及预后判断仍缺乏有效的手段,为了提高临床上对肝内胆管细胞癌患者的预后判断准确性,本研究拟通过TCGA数据库分析,构建基于转录组数据构建风险预后模型。方法:通过TCGA下载并整理ICC转录组数据和临床资料,使用3种差异分析方法(edgeR、Limma和DESeq2)获取差异表达基因(p<0.05且|log2 FC|>2),对差异基因表达数据先后行单因素COX回归分析、Lasso回归分析和多因素回归分析,获取独立预后因子,并根据回归系数计算各样本的风险评分,构建风险预后模型,并通过ROC曲线、C指数和kaplan-Meier生存曲线评估模型的准确性,模型构建后根据风险分组进行差异基因分析、ssGSEA评估免疫微环境,以分析高、低风险分组之间差异所涉及的生物学功能。结果:通过TCGA下载并整理ICC转录组数据得到29696个基因的表达矩阵,经过3种差异分析方法取交集,获得3355个差异表达基因,单因素COX分析筛选出9个基因(p<0.01),经过Lasso回归分析过滤共线性因素,得到7个候选基因行多因素COX回归分析,最终得到4个mRNA,并根据回归系数计算风险评分,以风险评分中位值为界,将样本分为高、低风险组,并构建风险评估模型;时间依赖的ROC曲线显示患者3年和5年生存率的曲线下面积AUC分别为0.819和0.928;整体模型的C指数为0.929;对高、低风险组行差异分析及功能富集分析发现两组间差异与免疫细胞等功能相关,进一步使用ssGSEA评估免疫微环境发现,高风险组中记忆B细胞的表达显著升高。结论:本研究基于TCGA数据构建了一个包含4个mRNA的预后风险模型,其对肝内胆管细胞癌患者的预后判断准确性较高,可为临床上对患者的预后状态判断提供参考。
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