非法行医罪是我国1997年刑法设定的新罪名，由于该法条自身规定过于简单，致使学者及司法人员在认定非法行医罪时出现了颇多争议。本文在分析借鉴各种学说的基础上，综合运用刑法理论，依据相关法律法规及司法解释，结合司法实例，对理论研究和司法实践中与非法行医罪的认定有关的争议问题展开讨论。本文首先对非法行医罪中的“非法行医”行为进行认定。在分别探讨了我国刑法学者对“医”与“行医”的含义的相关学说，以及台湾与国外与此相关的规定后，笔者将非法行医中的行医认定为开展医疗业务的行为。而对于如何认定“非法行医”行为，则需建立在区分行政法视野下与刑法视野下的非法行医行为，以及解读最高人民法院《关于审理非法行医刑事案件具体应用法律若干问题的解释》相关规定的基础上。非法行医罪主体问题是本罪争议最多的问题，要正确的判定行为人是否为本罪的主体，关键是要正确认定何为“医生执业资格”和“未取得医生执业资格的人”。笔者对目前理论界就如何理解“医生执业资格”的三种主要观点进行了分析，并结合最高院相关司法解释，对行为人“未取得医生执业资格”的情形分别进行了阐述。同时对非法行医罪的主体的其他争议如未取得医生执业资格的医学实习生、乡村医生等，有“三超”行医行为的取得医生执业资格的人以及单位等主体的资格问题进行了讨论。关于非法行医罪的司法认定，笔者分析了最高院的司法解释中规定的五种“情节严重”情形并提出异议，认为最高法的解释并不十分确切。此部分还对非法行医罪中常见的共犯问题作了认定，并以案例将极易与非法行医罪混淆的医疗事故罪及诈骗罪与本罪作了分析比较。最后，通过对非法行医罪相关争议问题的辨析，从理论和实践相结合的角度出发，提出应从以下几个方面来对本罪的相关立法进行完善：一是本罪主体方面的完善，具体包括明确“医生执业资格”和“未取得医生执业资格”的内涵，增加单位为犯罪主体。二是明确“情节严重”之涵义，从而为司法实践提供相对统一的标准，维护法律的公正、稳定与权威。