马克思的哲学方法是什么？对这个问题的回答必须要结合西方思想中原子论与本质主义两大思想传统。原子论强调构成性部分在实在性与解释性上的优先性；而本质主义则强调包含真实本质的整体在实在性与解释性上的优先性。由于马克思未曾明确、直接、专门地阐释他的哲学方法，因此也存在着对马克思哲学方法的不同理解范式。英国哲学家斯科特?米克尔将马克思的思想界定为本质主义的思想；这种理解既有助于驳斥对马克思的原子论式理解，又有助于揭穿对马克思的伪本质主义理解。作为本质主义者，马克思与亚里士多德和黑格尔所代表的本质主义思想是一脉相承的；但另一方面，马克思又由于对经济和历史等经验领域的研究，超越了他的前辈们。正是在批判地继承其他本质主义的过程中，马克思形成了自己的本质主义方法。
　　借助米克尔的本质主义理解范式，可以大体地展示出马克思在其历史理论中所使用的一般方法。首先，本质主义有着一个根本前提，即承认本质的实在性以及可知性。从这个前提出发，本质主义进一步认为，本质在实在性上是具有优先性的；这种优先性主要表现为形式优先于质料、整体优先于部分、种优先于个体。然而，这并不意味着，本质是直接现实的；它的实现需要时间过程。由于本质自身所包含的矛盾，即表现形式与内容、现存性与目的性之间的矛盾，本质遵循着必然性的路线不断发展，并最终得以实现。随着终点的到来，本质自身的生命力就消失了；同时，旧的本质也孕育着新的矛盾，从而为新本质的生成提供了可能。
　　在直接阐述马克思的本质主义方法之后，我们需要用这种理解范式来重新展示马克思的历史理论。马克思的历史理论可以分为资本历史理论与一般历史理论。资本历史理论主要涉及到价值形式问题。马克思通过对古典政治经济学的批判，完善了自己的本质主义方法，并用这种方法分析了历史上的各种价值形式。在马克思看来，看似神秘的价值形式自身并不具有真理性，它只是表现着某种本质，即价值。在价值形式中，包含着内容与形式之间的矛盾，这一矛盾不断展开运动，从而使价值形式不断发生变化。在资本阶段，价值形式达到了其最终形式，价值形式充分实现了其潜能。在这一阶段，人类劳动的有用性与人类劳动的可交换性之间形成了最强烈的对立。价值形式完全控制着社会生产和生活，普遍的可交换性实现了普遍的社会关联以及个人之间的孤立状态。
　　与资本历史理论不同，马克思的一般历史理论更关注整个人类社会以及整个历史过程。由于本质主义以自我生成的角度来看待事物，马克思能够透过纷繁复杂的历史表象，逐渐把握到社会的真实本质，即具体劳动。具体劳动始终需要在特定的社会形式下展开，因此特定阶段的具体劳动可以从概念上被区分为真实内容与社会形式两部分。具体劳动的真实内容与社会形式之间不是直接统一的；作为普遍性与目的性的一方往往同作为特殊性与现存性的一方发生这样或那样的冲突，由此便形成了历史的真实矛盾。随着具体劳动的真实内容与其社会形式之间的矛盾运动，人类社会依次经历三大历史阶段，即基于人身依附性的前资本主义社会、基于客观依附性的资本主义社会以及基于自由联合生产者的共产主义社会。在这里，社会分类问题与历史进步问题必须严格区分开；二者具有不同的标准。在资本主义阶段，对进步的界定需要参照社会中介(即价值形式)的发展程度。资本主义社会通过发展社会中介，形成了普遍的社会关联，从而使人对这种社会关联的自觉掌控成为可能；由此，共产主义社会得以可能。由于社会不是独立于个人之外或凌驾于个人之上的抽象物，社会的发展过程与人的发展过程也是同一的。这样，在本质主义的基础上对马克思的历史理论进行再展示，便进一步确证了马克思的本质主义方法及其优越性。
　　最后，需要对米克尔关于马克思本质主义方法的研究进行反思。米克尔关于马克思本质主义方法的研究在揭示马克思主义研究中的迫切问题、把握马克思方法研究的正确方向、奠定马克思方法研究的理论基础这三个方面具有重要意义。但同时，米克尔关于马克思本质主义方法的研究又具有两方面的局限性，即理论主义倾向以及对偶然性的片面理解。因此，本质主义需要牢固树立边界自觉的意识。