在家兔生产中,生长性状是重要的经济性状,生长速度的快慢在很大程度上直接影响养兔业的经济生产总值。生长性状属于微效多基因控制的数量性状,采用常规的遗传手段难以鉴定潜在影响家兔生长性状的关键基因和变异,而全基因组重测序技术为解决这一难题提供了有效的技术手段。家兔作为最近驯化的物种之一,其遗传多样性和遗传结构还有待进一步研究。基于上述原因,本研究通过对4种家兔群体进行全基因组重测序,初步阐明了家兔群体的遗传多样性和遗传结构,并对影响家兔生长性状的候选基因和变异进行筛选和验证。主要研究内容和结果如下:（1）基于全基因组重测序的家兔基因组遗传变异检测本研究利用全基因组重测序技术对6只伊普吕肉兔进行全基因组重测序,并结合NCBI网站公布的31个家兔个体的全基因组重测序数据,共获得1556.12Gb的clean data,且clean data比对到参考基因组的比对率超过98%,每个个体的平均覆盖深度超过13.79×,基因组覆盖度超过93%。通过对家兔群体的SNPs、Indels和SVs的遗传变异信息进行检测,分别得到27567157个SNPs、9061538个Indels以及151709个SVs变异位点。（2）家兔群体遗传结构分析及生长性状候选基因鉴定本研究利用系统进化树分析、群体结构分析和主成分分析对家兔群体进行分类,结果表明37只家兔个体可分为3个类群,其中新西兰白兔和伊普吕肉兔作为一个亚群,而渡边遗传性高脂血症兔和日本白兔分别作为一个亚群。连锁不平衡衰减分析结果显示,相对于其他3种家兔而言,伊普吕肉兔的衰减速度最慢,表明伊普吕肉兔可能受到了更高强度的人工选择。通过伊普吕D系肉兔和伊普吕E系肉兔特异性变异结合实验室前期的RNA-seq数据和选择性清除分析两种方法分别筛选出100个和80个潜在影响两种品系肉兔表型的候选基因,并通过功能富集分析和查阅相关文献发现UCP2、FRZB、SOCS2、CSRP3、MYL3、SMAD3、TIAM2、SRA1、AUTS2和ROR2基因可能是影响家兔生长性状的候选基因。（3）CSRP3基因、SMAD3基因与家兔生长性状关联分析根据上述重测序分析发现UCP2、CSRP3和SMAD3基因可能是影响伊普吕肉兔生长性状的候选基因。在此基础上,本研究利用PCR和一代测序技术验证了伊普吕肉兔UCP2基因上的5个候选SNPs,CSRP3基因上的7个候选SNPs以及SMAD3基因上的17个候选SNPs,其中UCP2基因的5个SNPs在伊普吕D系肉兔和伊普吕E系肉兔中特异性存在。连锁不平衡分析发现,CSRP3基因的7个SNPs和SMAD3基因的17个SNPs在伊普吕D系肉兔群体处于完全连锁不平衡状态（r~2和D’均等于1）。关联分析发现SMAD3基因的g.5372008 C＞T位点与伊普吕D系肉兔的35日龄体重、49日龄体重和胸围显著相关（P＜0.05）,而CSRP3基因g.158134254 G＞A位点与伊普吕D系肉兔生长性状均不相关（P＞0.05）。综上所述,本研究采用全基因组重测序技术检测了家兔群体全基因组水平的遗传变异信息,使用特异性变异结合实验室前期的RNA-seq数据和选择性清除分析两种方法鉴定了影响家兔生长性状的候选基因和变异,并将候选基因变异与家兔生长性状进行关联分析,验证了重测序分析的研究结果。