随着农村经济社会的快速发展，农业、农村、农民问题越来越成为党和国家各项工作的重中之重，农村的发展对建成小康社会起着至关重要的作用。农村党支部委员会和村民委员会（以下简称农村“两委”）做为乡村社会治理中的两大基本组织机构，承担着领导农村经济社会发展、落实国家政策的重大任务，农村基层组织是否能够协调运转直接关系到新农村建设的成果。然而，多年来随着村民自治实践的不断深化，农村社会中的各种矛盾和问题也日益突出，尤其是村“两委”围绕村里的决策权和管理权的争夺暴露出来的问题，严重影响了农村社会的发展和稳定。本文试图研究当代乡村社会治理中的农村“两委“关系，侧重于思考两者之间的矛盾现状、产生原因及对策。从总体上看“两委”关系主流是和谐的，但也存在一些问题：村党支部权力绝对化、村委会权力绝对化、村“两委”对立。这些问题出现的原因有：二元权力结构的内在冲突、上级党政组织的干预与不公正对待、“两委”成员素质不高、经济发展水平制约、本地乡土文化影响和传统思想认识等等。化解“两委”矛盾应采取的举措包括：规范权力运行，理顺农村“两委”关系；加强教育培训提高农村“两委”人员素质；理顺上级党组织与村委会的关系和权力界限、加强监督管理等。