玉米大斑病(Northern corn leaf blight,Turcicum leaf blight)是世界玉米生产的重要病害。病原菌的群体结构的组成与变异直接影响着该病害的发生与流行。本文主要进行了玉米大斑病传统生理小种的鉴定,并结合AFLP技术,研究我国玉米大斑病菌的遗传结构,旨在为今后抗病品种的选育和田间布局提供参考意见、为控制或减缓小种的变异寻找方法。以2005～2006年从吉林、黑龙江、河北、北京、辽宁、天津、海南、广西、广东、四川等省23个市县玉米产区采集和分离100份大斑病病菌分离物为供试菌株,以具有Ht单基因的OH43Ht1、黄早四Ht2、黄早四Ht3、黄早四HtN为鉴别寄主,在温室内进行了生理小种的鉴定。发现上述地区生理小种组成复杂,参加测试的4个抗性基因全部都能被克服。在100个菌株中存在15个生理小种,出现频率较高的为小种1、0、N发生频率分别为21%、18%、13%,其次为小种13、1N、2、123、3N、2N、3、23、123N、12、12N、23N发生频率为2%～8%。同时发现北方地区玉米大斑病菌生理小种的变异明显较南方地区丰富。通过对各技术环节的优化,建立了适于玉米大斑病菌遗传结构分析的AFLP技术体系;通过“1+1”、“1+2”、“2+2”、“2+3”、“3+3”引物组合对6个不同来源的玉米大斑病菌株基因组DNA进行扩增,最终选择扩增总条带较多且差异带较多的“2+2”组合。从120多对“2+2”组合中筛选出了11对多态性高、谱带清晰的引物组合。利用筛选的11对引物扩增采自吉林、黑龙江、辽宁、河北、天津、北京、四川、广西、海南的90个大斑病菌株,结果:AFLP指纹谱带的聚类结果玉米大斑病菌的地理来源、生理小种没有直接的对应关系。