本研究采用RT-PCR对3株四川分离株IBV进行了S2、E基因的扩增,并对3株IBV进行了S2、E基因的序列分析。采用SDS-Pro.K法抽提M₄₁标准株及本课题组分离的IBV基因组RNA。根据Genbank公布的禽传染性支气管炎病毒呼吸型标准毒株IBV M41基因组全序列设计了扩增S2、E基因的两对引物。用S2基因的引物对4株IBV M₄₁、SAIB_WS、SAIB₄、SAIB_WJ进行了RT-PCR扩增,均获得了长约1.5 kb特异条带（注示:本研究所扩S2基因为部分S2基因）。用E基因的引物对4株IBV M₄₁、SAIB_WS、SAIB₄、SAIB_WJ进行了RT-PCR扩增,均获得了长约400bp特异条带。 将SAIB_WS、SAIB₄、SAIB_WJ三株的RT-PCR特异扩增条带插入到PMD18-T质粒多克隆位点,构建了含目的基因片段的克隆质粒,转化JM₁₀₉载体菌,筛选获得S2、E基因阳性克隆菌株。对S2基因的克隆质粒的外源片段序列测定表明,该片段含有IBV S2基因序列,其基因长约1437bp,编码约479个氨基酸。对E基因的克隆质粒的外源片段序列测定表明,该片段含有IBV E基因全序列,其基因全长约330bp,编码约110个氨基酸。 与Genbank公布的IBV M41标准株S2基因相比,SAIB_WS、SAIB₄、SAIB_WJS2基因核苷酸序列同源率分别为85.5%、84.4%、84.4%,相应的氨基酸序列同源率分别为86.8%、88.7%、81.6%。与Genbank公布的IBV M41标准株E基因相比,SAIB_WS、SAIB₄、SAIB_WJE基因核苷酸序列同源率均为88.8%,相应的氨基酸序列同源率均为87.3%。 本研究丰富了IBV分子流行病学资料,对有效指导IB针对性防疫提供了科学依据,为IB DNA疫苗的研制提供了基础材料。