工程重大安全事故罪属于建设工程项目中的高发犯罪、典型犯罪、特殊犯罪,本罪旨在保障建设工程质量安全。基于对刑法第30条、31条等的不同理解,在刑法将本罪表述为相关单位实施犯罪只处罚直接责任人员的情况下,让本罪的犯罪主体性质在存在理论上的讨论的空间,犯罪行为人变得模糊,同时,也让司法实践中检察院和法院在本罪的犯罪主体问题上,存在不同的公诉和审判路径。在理论上,本罪犯罪主体性质存在单位犯罪、自然人犯罪或者两者兼有的不同观点,而在司法实践中,有些检察院和法院仅对涉案的单位成员适用本罪进行诉讼,也有些检察院和法院把涉案的单位及其成员一并作为被告加以公诉。研究本罪的犯罪主体,首先应当明确本罪的犯罪主体性质。首先,通过对刑法第30条、第31条和《全国人大常委会关于〈中华人民共和国刑法〉第三十条的解释》之间关系的梳理,认为应当在适用第30条的前提下再适用第31条,而该解释则是对第30条不能解决的问题的补充说明。其次,本罪中出现了相关单位、直接责任人员这种属于单位犯罪的典型表述,不是为了表明本罪为单位犯罪,而是为了明确本罪所谴责对象的身份,缩限处罚范围。建设工程项目组织结构和人员构成复杂,但并不是所有人都值得本罪处罚,基于刑法规范性评价要求和刑法谦抑性原则,相关单位起到对行为人身份的限定作用,直接责任人员的表述则将犯罪行为人缩限在了直接责任范围。最后,基于刑法责任必究、责任自负原则、与重大责任事故罪犯罪主体性质保持一致等理由,宜认定本罪的犯罪主体性质为自然人,即本罪的犯罪主体为直接责任人员。可见,研究本罪的犯罪主体重点在于研究本罪的直接责任人员。从理论上讲,对直接责任人员的认定有建设工程项目、相关单位、直接责任等范围限制,故需要把握好本罪当中工程、相关单位和直接责任的范围和内涵。其一,本罪所称工程应当包括所有的建设工程项目。其二,关于相关单位的范围,建议纳入勘察单位。其三,就直接责任的认定,一方面,要判断行为人是否对犯罪结果的发生起到了直接作用,要判断行为人是否支配了犯罪因果关系进程或为犯罪结果发生提供了积极要素,另一方面,需要依据《中华人民共和国建筑法》《建设工程质量管理条例》等关于工程质量问题的相关规定,来判断行为人是否违反国家规定,降低了建设工程质量管理国家（强制性）标准。实践当中,建设工程项目中存在大量相关单位无资质和个人挂靠的现象,给本罪行为人的认定带来一些疑问。一方面,相关单位的成立应采用形式外观主义进行判断,相关单位在本罪中为犯罪主体提供了一个可以从事建设工程项目的身份,只要行为人能够通过该单位承揽到相关建设工程项目,相关单位的作用也就实现了,至于相关单位是否有资质则无关紧要。另一方面,在个人挂靠情形下,需要对挂靠人的能否借“壳”实施犯罪行为进行实质判断。在满足上述两个方面时,宜得出无相关资质不影响相关单位的成立,挂靠行为人亦属于相关单位的直接责任人员之结论。这契合本罪立法所欲惩戒范围,符合一般人心理预期,并与司法实践需求相适应。