我国的农业结构历经从最初的适应性调整到现在的战略性调整的几个阶段，取得了很大成就，但是由于农业结构战略性调整的长期性、艰巨性和复杂性，当前农业结构还存在着诸如自然资源利用不合理、生态环境受到破坏等许多问题。因此，2006年中央一号文件指出：积极推进农业结构调整，按照高产、优质、高效、生态、安全的要求，调整优化农业结构。重庆市作为中西部地区唯一的直辖市，全国统筹城乡综合配套改革试验区，在促进区域协调发展和推进改革开放大局中具有重要的战略地位，但由于重庆市集大城市、大农村、大库区、大山区和民族地区于一体，城乡二元结构矛盾突出，因此，在农业产业结构的调整过程中，如何做到城乡一体化，推进农业现代化，是重庆市农村经济工作研究的一个重要课题。全文共分为七个部分，第一部分为引言，主要介绍本文的研究背景及意义，以及本文的研究方法等；其次介绍了有关农业产业结构调整的概念界定、相关研究，以及农业结构调整存在的风险；第三部分介绍了重庆农业产业的发展现状，分析了重庆农业发展的资源禀赋和支撑条件；第四部分分析了农业结构系数与农民人均纯收入、人均GDP的关系，揭示了重庆农业结构变动特征；第五部分通过测算1998-2012年重庆各区县农业结构系数和农业结构变化率，分析了重庆农业结构的变动趋势与幅度，计算历年区县间农业结构相似系数、各区县各部门比较优势指数分析重庆各区县农业结构相似度，以及各区县农业优势部门；第六部分运用主成分分析法分析重庆农业结构调整的主要驱动力，并结合各区县农业部门比较优势和资源禀赋对其进行功能分区；最后一部分根据重庆市农业产业结构中存在的问题，提出重庆农业产业结构优化的对策建议。