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中华羊茅（Festuca sinensis）是我国特有的乡土草种,是青藏高原地区的优良牧草,在治理退化草地、改善生态环境中,发挥着日益重要的作用。以往的研究已知中华羊茅与内生真菌共生,且尚未见家畜采食共生体后中毒的报道。但与中华羊茅共生的内生真菌的分类地位及相关的生物学、生态学等特性,均尚不明确。本研究以采自青藏高原区域的青海、甘肃、四川3个省12个样点的中华羊茅种质为材料,在分离获得内生真菌菌株的基础上,将传统技术与现代分子生物技术相结合,研究确定了与中华羊茅共生的内生真菌的分类地位,生物学特性以及不同菌株离体培养发酵液的生物活性和产生代谢物的主要类群,以期为合理利用中华羊茅-内生真菌共生体提供基础资料。所获主要结果如下:（1）定名发表了与中华羊茅共生的内生真菌为一新种,命名为中华羊茅内生真菌（Epichlo（?）sinensis sp.nov.）。通过形态学观测,明确获得的菌株均具有香柱菌属（Epichlo（?））内生真菌的形态特征:菌丝细长,略微弯曲,有隔膜;在叶鞘中沿着细胞间隙平行分布无分枝;在PDA培养基上,菌落白色,光滑,呈棉花状,分生孢子梗稀疏,单生,长18.5-31.5μm,分生孢子亚球状、长椭圆状,无色,4-7×1.5-4.0μm。与已知的内生真菌种相比,其菌落较蓬松且分生孢子梗较长。分析β-微管蛋白（β-tubulin,Tub B）和翻译延伸因子1-α（Translation elongation factor1-α,Tef1-α）基因序列的系统发育关系表明,中华羊茅内生真菌均具有2个基因拷贝,分别与来自早熟禾内生真菌（E.poae）和羽茅内生真菌（E.sibirica）的基因处于相同的进化分支。（2）明确了中华羊茅内生真菌的产碱特征。参试的41株中华羊茅内生真菌,通过提取各菌株的DNA,PCR扩增4大类生物碱合成途径的30个调控基因并分析菌株的简单序列重复（Simple Sequence Repeats,SSR）多态性。结果表明检测的41株菌株均具有波胺生物碱合成途径中的2个基因,吲哚双萜类化合物合成途径中的8个基因,饱和吡咯化合物合成途径中的1个基因,而缺乏麦角碱类化合物合成途径中相关基因。简单重复序列多态性结果表明检测菌株的基因不具有明显的多态性。（3）明确了中华羊茅内生真菌的生物学特性。参试的中华羊茅内生真菌菌株的最适生长的温度为22-25℃,最适生长的p H范围为4-7;在马铃薯蔗糖培养基上生长最快,菌株平均生长速度为4.0 mm/周;利用能力最强的碳源和氮源分别为山梨糖醇和蛋白胨,两种培养条件下,菌株生长速度分别为5.0 mm/周和5.1mm/周。在25℃培养条件下,41株菌株生长速度在1.0 mm-6.0 mm/周范围内,且从不同种群中华羊茅分离的内生真菌菌株或从同一种群中华羊茅分离的不同菌株,其生长速度差异显著（P＜0.05）。参试菌株离体培养条件下的生长速度与宿主植物生长环境的海拔高度、年降水量和年均温之间均无显著相关性。（4）中华羊茅内生真菌的离体培养发酵液具有生物活性。在马铃薯葡萄糖培养基（Potato dextrose broth,PDB）培养条件下,参试菌株的发酵液对宿主伴生种-垂穗披碱草（Elymus nutans）种子萌发和幼苗生长具有显著的促进作用。发酵液原液（浓度为100%）可使垂穗披碱草种子发芽率和发芽势分别显著提高30.3%和47.5%（P＜0.05）;发酵液浓度为60%时,可使垂穗披碱草胚根长和胚芽长分别显著增加43.9%和16.2%（P＜0.05）。发酵液对植物病原物镰刀菌（Fusarium sp.）、离蠕孢（Bipolaris sp.）和链隔孢（Alternaria sp.）有抑菌活性,发酵液浓度越高,抑菌率越高,平均抑菌率分别为24.5%、22.3%和14.3%。（5）初步明确了中华羊茅内生真菌代谢产物的种类。利用气相色谱-质谱联用（Gas chromatography-mass spectrometry,GC-MS）和液相色谱-质谱联用（Liquid chromatography-mass spectrometry,LC-MS）,检测到参试菌株在马铃薯葡萄糖琼脂（Potato dextrose agar,PDA）和PDB培养条件下均能产生丰富的代谢物,共检测到1027种化合物。气相色谱-质谱联用检测到氨基酸、糖类、醇类和羧酸等7大类共36种化合物。液相色谱-质谱联用检测到羧酸、氨基酸及其衍生物、杂环化合物、酯类、和糖类等28大类共991种化合物。参试菌株产生的化合物种类基本相同,未表现出种类的差异,但培养条件（PDA和PDB）对内生真菌代谢物的种类有显著影响,PDA中菌丝,PDB中菌丝以及发酵液中化合物的种类及数量均不相同。参试菌株在3种培养条件下均产生的化合物中,苹果酸和腺苷酸分别为GC-MS和LC-MS检测到相对含量最高的化合物。不同菌株间有多种差异化合物,通过这些差异化合物注释表明其对代谢途径,代谢物合成等内生真菌的代谢通路有明显影响。