自改革开放以来，我国劳动力流动的制度障碍逐渐消除，农村劳动力开始大规模向城镇转移。农民工这一群体的快速壮大，已经引起了越来越多的学者对他们的关注，而农民工的工资更是绝大多数研究者讨论的焦点。总体上来讲，随着我国经济的高速发展和人们生活水平的快速提高，农民工工资增长比较显著，呈现出了稳步增长的趋势。但是在农民工内部，工资差异呈现出了不断拉大的趋势。基于这样的背景，本文研究了影响农民工工资差异的主要因素。在对我国农民工工资差异现状及其发展趋势分析的基础之上，将我国农民工的工资差异划分为不同人力资本引起的农民工工资差异、农民工工资的行业差异以及农民工工资的地区差异。然后分别对这三个差异进行理论分析和实证分析，得出了受教育水平和性别是影响农民工工资差异的主要人力资本因素；行业的相对垄断程度是引起农民工工资行业差异的主要因素；而各经济地区的资本-劳动比和经济发展水平是引起农民工工资地区差异的主要因素。最后，根据前面的分析，提出了合理控制农民工工资差异的政策建议。