禽流感的流行给养殖业带来巨大的经济损失,也对人类健康造成严重的威胁。在我国,H5N1亚型病毒在禽类不断进化、重组,从而导致多样性的H5N1基因型。研究表明,中国南方家鸭作为流感病毒重要的混合器,在促进流感病毒基因突变中起了重要作用。家禽市场一直被认为是禽流感病毒的潜在“温床”,为不同亚型禽流感病毒的基因重组提供了有力条件,多种亚型禽流感病毒均已在此被检测到。由此可见加强家禽市场流感病毒的监控,对禽流感病毒的预防与控制具有重要的指导意义。我们在2010年至2012年湖南省家禽市场的禽流感流行病学调查中,共分离到73株H5N1禽流感病毒,其中鸡源禽流感包括1株H5N1和H9N2混合亚型、1株H9N2和4株H5N1病毒;鸭源中分离到的包括3株H5N1和H9N2的混合亚型、3株H5N1和H6N6亚混合型、1株H9N2和59株H5N1;鸽子中分离1株H5N1。本研究中对其中19株H5N1病毒进行全基因组测序,绘制系统进化树,并对其分子特征进行分析。结果显示19株病毒HA基因在进化树上均属于clade2.3.2.1,NA基因和HA基因相似,但内部基因呈现不一样的进化特征。同时本研究选取2011年12月份家鸭中分离到的1株H5N1和H6N6混合亚型毒株做进一步研究。利用二代测序(Illumina)方法对全基因组进行测序,得到10个基因片段,包括PB2、PB1、PA、H5、H6、NP、N1、N6、M、NS。由于其包含 2 个 HA(H5 和 H6)和2个NA(N1和N6)亚型,所以将该病毒株命名为A/duck/Hunan/747/2011(mixed),系统进化分析表明,H5 HA 属于 clade2.3.2.1,H6 HA属于groupII亚系,而其它内部基因显示出不同的重组状态。为进一步了解混合亚型的生物学特性,我们分别检测病毒的生长曲线,对小鼠的致病力等。该病毒在鸡胚中生长曲线结果显示,混合亚型表现出较强的生长特性。小鼠致病性实验结果显示,混合亚型对小鼠100%致死;对感染后的小鼠的肺、脑、脾、肾组织病毒残余进行测定,数据结果显示,四个器官组织中均能检测到病毒。所有实验结果表明,混合亚型病毒具有较强的生长特性和复制能力和对小鼠很强的致死性。混合亚型病毒在病毒重组和进化中的作用是什么,揭示其特征将对人们了解病毒重组进化的机制提供重要参考。