糖尿病肾阴虚证患者lncRNA/mRNA表达谱的研究

来源 :成都中医药大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:it8844
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目的以2型糖尿病肾阴虚证患者、2型糖尿病非肾虚证患者、正常人作为研究对象,构建T2DM肾阴虚证差异lncRNA和mRNA表达谱,通过生物信息学分析,从lncRNA角度初步探讨T2DM肾阴虚证发生、发展的分子作用机制,并初步筛选出T2DM肾阴虚证的分子标志物。方法1.采用lncRNA/mRNA芯片进行基因表达谱检测,三组数据进行两两对比,得到差异lncRNA和mRNA。根据表达谱数据,筛选差异lncRNA和mRNA进行RT-PCR验证。2.根据第一部分基因表达谱检测数据,对差异mRNA进行GO和KEGG分析,对差异lncRNA进行靶基因预测及靶基因富集分析,进一步构建差异lncRNAmRNA共表达网络图。结果1.lncRNA/mRNA表达谱检测结果:T2DM肾阴虚证组vs T2DM非肾虚证组中,发现差异表达mRNA 117条,其中上调37条,下调80条;差异表达lncRNA208条,其中上调64条,下调lncRNA 144条。T2DM肾阴虚证组vs正常对照组中,发现差异表达mRNA 107条,其中上调88条,下调19条;差异表达lncRNA275条,其中上调217条,下调58条;T2DM非肾虚证组vs正常对照组中,发现差异表达mRNA 89条,其中上调67条,下调22条;差异表达lncRNA 309条,其中上调100条,下调209条。选择1条lncRNA和5条mRNA在原样本中进行RT-PCR验证,变化趋势与芯片结果基本一致。2.生物信息学分析结果:T2DM肾阴虚证组vs T2DM非肾虚证组中,差异mRNA显著性富集于免疫应答、GTP酶激活剂活性等GO条目164个,涉及MAPK信号通路、破骨细胞分化、NF-κB信号通路等30条信号通路。差异lncRNA经cis预测的靶基因,显著性富集于淋巴细胞迁移及调节、MAPK等GO条目275个,涉及泛酸和辅酶A生物合成、脂肪细胞脂解的调节、磷酸戊糖途径等49条信号通路;经trans预测的靶基因,显著性富集于多细胞组织内稳态、GTP酶活性等GO条目76个,涉及泛酸和辅酶A生物合成、不饱和脂肪酸的生物合成、AMPK信号通路等22条信号通路。共表达网络图中共有275个差异lncRNA-mRNA共表达对,其中HMlinc RNA1030、uc010atu、DA674418等差异lncRNA,SLC11A1、SIRPB2、HSPA6等差异mRNA处于关联中心。T2DM肾阴虚证组vs正常对照组中,差异mRNA显著性富集于过氧化氢代谢过程、氧化还原酶活性等GO条目97个,涉及细胞凋亡、AMPK信号通路、胰腺癌等25条信号通路。差异lncRNA经cis预测的靶基因,显著性富集于TOR信号、羧酸结合等GO条目282个,涉及胰岛素信号通路、PPAR信号通路、脂肪细胞因子信号通路等43条信号通路;经trans预测的靶基因中,显著性富集于碳水化合物生物合成过程、外源性凋亡信号通路等GO条目59个,涉及胰岛素信号通路、胆固醇代谢、AMPK信号通路等17条信号通路。共表达网络图共有273个差异lncRNA-mRNA共表达对,其中uc009yax、ENST00000447729、HMlinc RNA-881等差异lncRNA,CSDA、MKRN1、SLC4A1等差异mRNA处于关联中心。T2DM非肾虚证组vs正常对照组中,差异mRNA富集分析显示具有显著性富集的GO条目共90个,显著性富集于抗原加工和通过MHCⅠ类呈递外源肽抗原、水解酶活性等,KEGG分析筛选到27条信号通路,涉及神经活性配体-受体相互作用、Wnt信号通路、破骨细胞分化等;差异lncRNA经cis预测的靶基因,显著性富集于Th细胞分化、T细胞分化与免疫应答等GO条目434个,涉及脂肪细胞脂解调节、加压素调节水的再吸收、2型糖尿病等56条信号通路;经trans预测的靶基因,显著性富集于酒精代谢过程、RNA分解代谢过程等GO条目27个,涉及脂肪酸降解、PPAR信号通路、胰高血糖素信号途径等18条信号通路。共表达网络图中共有268个差异lncRNA-mRNA共表达对,其中BC038432、ENST00000450783、ENST00000499653等差异lncRNA,SLC19A1、LOC100506301、RBM47等差异mRNA处于关联中心。结论本研究首次运用lncRNA/mRNA芯片对T2DM肾阴虚证、T2DM非肾虚证、正常人进行检测,发现T2DM肾阴虚证组中存在大量异常表达lncRNA和mRNA,进一步的生物信息学分析提示差异lncRNA可能通过影响免疫反应、能量代谢、细胞凋亡等生物学进程,调控泛酸和Co A生物合成、NF-κB信号通路、细胞凋亡等信号通路参与T2DM肾阴虚证发生、发展过程,从基因层面为中医辨证提供了有力的科学支撑。同时,初步筛选出7条lncRNA NR_034173.1、AK024373、AF116618、n407257、HMlinc RNA1030、uc010atu、DA674418,它们有望成为T2DM肾阴虚证患者的分子标志物,有助于中医辨证的客观化与标准化,利于从基因层面揭示证的本质,为中医临床治疗提供精准辨证施治的实验依据。
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