亲水相互作用色谱-质谱（HILIC-MS）是一种有效的极性代谢物的分析手段。它与反相色谱-质谱（RPLC-MS）相补充,可扩大代谢物分析的覆盖范围。然而,在分析过程中,HILIC上的保留时间（RT）稳定性较差,易受色谱分离条件的改变而产生漂移,从而限制了其在代谢物注释中的应用。保留指数（RI）是一种度量溶质相对保留值的评价标尺,早期由Kovats提出并被广泛用于气相色谱分析中的RT校正。近年来,一系列基于RPLC-MS分析的RI系统被建立起来。RI作为一种标准化的代谢物保留信息注释,用于代谢物鉴定,可以大大减少定性过程中的假阳性结果并提高同分异构体鉴定的能力。然而,目前RI在HILIC-MS分析中的应用研究仍然较少。基于以上问题,本论文以提高色谱保留值在HILIC-MS分析中代谢物注释的准确性为目的,发展了一种亲水色谱保留指数构建策略（HILIC RI）,并探究了该策略在代谢物注释分析中的应用性。主要内容如下:1.基于N,N-二甲基乙二胺（DMED）标记的饱和脂肪酸（C2-C22）在HILIC上的碳数规律,我们构建了RT与碳数之间的线性关系,并将其用于HILIC RI的计算。所开发的HILIC RI线性计算方法相较于前人发展的局部线性构建方法而言计算更为简单,且对于RT不在校正物区间内的代谢物,也可通过延长线获得相应的RI值。此外,该HILIC RI策略被证明在以下条件下均表现出良好的重现性:（1）相同色谱柱,不同批次间的分析;（2）相同色谱柱,不同梯度、样品基质的分析;（3）色谱柱型号相同,生产批次不同的分析。2.在上一个工作的基础上,我们将HILIC RI策略应用于基于HILIC-MS的代谢物注释分析中。通过HILIC RI策略,易受色谱条件变化而波动的非标准化保留值信息被转化为稳定的标准化保留值信息。在本工作中,我们主要介绍了三个应用例:（1）HILIC RI策略用于校正基于HILIC-ESI-orbitrap MS的代谢组学分析中的RT偏移,以提高色谱峰匹配的准确度;（2）HILIC RI策略用于复杂样品分析中连续出峰的同分异构体鉴定,以提高定性分析的能力;（3）HILIC RI策略用于基于化学同位素标记-液相色谱-质谱（CIL-LC-MS）的亚代谢组学分析中的同位素效应校正,以减少峰匹配过程中的假阴性及假阳性结果,提高代谢物筛查的准确度。