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【目的】研究贵州省布依族、侗族和苗族Y染色体的3个TTTY5、TSPY1和TSPY4基因的拷贝数多态性以及8个Y-SNP位点的SNP多态性，探讨这3个人群的父系遗传结构。 【方法】选取贵州布依族、侗族、苗族3个少数民族男性样本共292例，酚氯仿法提取基因组DNA。1）实时荧光定量法测定拷贝数：选用ABI公司TaqMan Copy Number Assays试剂盒TaqMan探针扩增体系：一个反应管中可同步扩增目的基因和内参基因，并用Step One-plus实时荧光定量PCR仪对扩增产物进行检测分析，使用StepOneTM Software v2.1软件进行数据收集，Copy Caller v1.0软件进行数据分析，分别得到 TTTY5、TSPY1、TSPY4的相对拷贝数；2）巢式聚合酶链式反应-限制性内切酶长度多态性（Nest PCR-RFLP）法测定SNP：根据Y染色体8个SNP位点M89、M9、M45、M130、M122、M134、M119、M95分别设计两步巢式PCR引物，Touch-down PCR进行多重巢式PCR扩增，用RFLP法得到各样本Y-SNP分型结果。 【结果】1）3个贵州世居少数民族样本中，TTTY5基因拷贝数变异范围为1~39拷贝，布依族的拷贝数显著低于侗族（P<0.01）和苗族（P<0.01），而侗族和苗族间的差异无统计学意义；苗族TSPY1基因拷贝数变异范围为1~68拷贝，侗族的拷贝数显著高于布依族（P<0.01）和苗族（P<0.01），苗族的TSPY1基因拷贝数显著低于布依族（P<0.01）；TSPY4基因拷贝数变异范围为16~39拷贝，布依族的拷贝数显著高于侗族（P<0.01）和苗族（P<0.01），侗族的拷贝数低于苗族（P<0.01）。2）3个少数民族共检测到H1(M130)、H4(M89)、H5(M9)、H6(M122)、H8(M134)、H9(M119)、H11(M95)、H14(M45)共8种Y-DNA单倍型，其中茂兰布依族和沙井苗族单倍型H4分布较高，频率分别为85.2％和82.5%；四寨布依族、龙江侗族、高增侗族和威宁苗族在单倍型 H5中分布较高，频率分别为42%、94.4%、100%和57%；雍里苗族则在单倍型H6中有最高分布，频率为94.6%。8个单倍型中，仅在龙江侗族中检测到单倍型H14。 【结论】贵州境内布依族、侗族、苗族人群之间TTTY5、TSPY1、TSPY4拷贝数差异有统计学意义。Y-SNP单倍型的主成分分析结果表明，贵州布依族、侗族、苗族人群与国内其他地域人群有较大遗传差异，为相对独立的群体，且不同地区的相同民族遗传关系相聚。