作为最早的生物能量代谢途径，Fe（Ⅲ）还原及其典型微生物以其特有的生态意义而越来越受到重视。本实验采用非种植淹水水稻土模式系统，研究采自吉林、天津、江西和宁夏等地区的4个水稻土中梭菌、芽孢杆菌和地杆菌随淹水时间的群落结构动态变化特征。试验设置0d、1d、5d、10d、20d、30d、40d和60d等8个淹水处理。提取土壤总DNA后，基于供试微生物16S rRNA基因的PCR-DGGE技术分析了各个处理梭菌、芽孢杆菌和地杆菌群落结构变化；建立基于DGGE优势条带序列的系统发育树。获得以下主要结果：1．通过DGGE图谱和α多样性指数看出，不同淹水培养过程中供试水稻土中梭菌、芽孢杆菌及地杆菌的群落结构存在明显的动态演替。（1）淹水培养过程中梭菌多样性指数变化：4个水稻土多样性指数在初期均出现了明显的下降，之后缓慢回升持续到了60d。吉林和江西水稻土中谷值在1-5d之间，而天津和宁夏水稻土多样性指数谷值更接近1d。（2）淹水培养过程中芽孢杆菌多样性指数变化：吉林和天津水稻土多样性指数从0d到1d迅速上升，5d时出现了明显的下降，后期出现了波动；江西水稻土30d到达峰值，缓慢下降到60d；宁夏水稻土在5d达峰值，维持稳定直到60d。（3）淹水培养过程中地杆菌多样性指数变化：4个水稻土多样性指数从0d到1d多均呈上升态势；在吉林和江西水稻土中，基本稳定维持到60d；天津和宁夏水稻土中，多样性指数则在1d之后出现了明显下降，天津水稻土谷值在5d，20d达到峰值，之后保持基本不变。宁夏水稻土在1d后下降，在20d达谷值，之后稳定至60d。2.进行了基于优势序列和DGGE灰度的群落结构PCA分析。（1）梭菌的PCA：吉林水稻土的5d到40d的处理聚集在一起，表明中期梭菌群落结构相近。天津和江西水稻土聚类比较分散，培养过程中优势梭菌群落结构存在波动。宁夏水稻土10d到60d较为松散的聚在一起，说明群落结构中后期趋于稳定。（2）芽孢杆菌PCA:4个供试水稻土均将10d到60d处理聚在一起，表明培养初期芽孢杆菌群落变化大，在培养10d后群落结构趋于稳定。（3）地杆菌PCA：吉林和江西水稻土中，10d到60d聚在一起，天津水稻土各个处理分散，宁夏水稻土除了40d外，5d到60d聚为一体，表明吉林和江西在培养10d后群落趋于稳定，天津水稻土的地杆菌群落结构在培养后期没达到稳定状态。3.根据DGGE优势条带序列构建的系统发育树可以看出，不同淹水水稻土的梭菌、芽孢杆菌和地杆菌微生物优势群落结构存有较大差异，又有共同之处。（1）梭菌DGGE优势条带在天津和江西水稻土均与梭菌属微生物聚在一起；吉林和宁夏水稻土中聚为两簇，多数与梭菌属微生物聚在一起，吉林水稻土还有一条序列和马达加斯加岛上铁铝土样品中未分类的16S rRNA序列聚在一起，宁夏水稻土中则有与不可培养杆菌属克隆UA68聚在一起的序列。（2）4个水稻土芽孢杆菌DGGE优势条带均聚为两簇，数量占优的一簇和芽孢杆菌属微生物聚在一组；另一簇在吉林水稻土与杆菌属菌株STV2聚为一组，在天津水稻土与鞘氨醇单胞菌菌株Es14聚为一组，在江西水稻土与未培养杆菌属菌株D13聚为一组，在宁夏水稻土与杆菌属KR1991/1119聚为一组。（3）4个水稻土中地杆菌DGGE优势条带皆聚为两簇，占多数的一簇和地杆菌科微生物聚为一组；而另一簇条带，在吉林水稻土中与孢囊杆菌属（Cystobacter）菌株xj65聚在一起，在天津水稻土中与珊瑚球菌属exiguus菌株HBUM94201聚为一组，在江西水稻土中与孢囊杆菌属聚为一组，宁夏水稻土中则与未培养发光杆菌属（uraniireducens）克隆MP-R108聚为一组。通过本研究，明确了不同水稻土3类典型Fe（Ⅲ）还原微生物群落结构分布特征及其在淹水培养过程中的群落演替，为探讨其与Fe（Ⅲ）还原之间的关系以及不同水稻土中微生物Fe（Ⅲ）还原能力的差异提供了理论依据。