【摘 要】
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为探究泥河湾古遗址土壤中可培养放线菌的物种多样性,建立该区域放线菌信息资源库。本研究以泥河湾8个古遗址的土壤样品作为实验材料,采用梯度稀释法涂布于R2A+、G+和Bennett 3种分离培养基,分离得到1088株放线菌纯培养物,对其进行编号、菌种保藏和系统发育分析,取得如下研究结果:1.利用链霉菌属特异引物对随机挑选的410株放线菌进行快速鉴定,结果显示,被检测的410株放线菌中有275株出现了8
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为探究泥河湾古遗址土壤中可培养放线菌的物种多样性,建立该区域放线菌信息资源库。本研究以泥河湾8个古遗址的土壤样品作为实验材料,采用梯度稀释法涂布于R2A+、G+和Bennett 3种分离培养基,分离得到1088株放线菌纯培养物,对其进行编号、菌种保藏和系统发育分析,取得如下研究结果:1.利用链霉菌属特异引物对随机挑选的410株放线菌进行快速鉴定,结果显示,被检测的410株放线菌中有275株出现了840 bp左右的链霉菌属PCR扩增特异条带,因此将其归于链霉菌属（Streptomyces）。2.其余135株未出现链霉菌属PCR扩增特异条带的放线菌,根据其16S rDNA全序列测序及系统发育分析的研究结果,将其分别归属于放线菌门（Actinobaceteria）,放线菌纲（Actinobaceteria）,放线菌亚纲（Actinobacteridae）,放线菌目（Actinomycetales）的8个亚目10个科的16个属和2个未知菌属,分别是糖多孢菌属（Saccharopolyspora）、假诺卡氏菌属（Pseudonocardia）、微杆菌属（Microbacterium）、拟无枝酸菌属（Amycolatopsis）、游动放线菌属（Actinoplanes）、糖丝菌属（Saccharothrix）、糖霉菌属（Glycomyces）、克里布所菌属（Kribbella）、原小单孢菌属（Promicromonospora）、链霉菌属（Streptomyces）、拟诺卡氏菌属（Nocardiopsis）、小单孢菌属（Micromonospora）、微球菌属（Micrococcus）、伦茨氏菌属（Lentzea）、诺卡氏菌属（Nocardia）和类诺卡氏菌属（Nocardioides）。3.本研究发现了2个潜在的新属:（1）菌株18-64与嗜盐糖霉菌属模式种白色嗜盐糖霉菌（Haloglycomyces albus）的模式菌株YIM 92370T的亲缘关系最近,其16S rDNA序列相似性是93.64%,可能是一个潜在新属。（2）菌株12-9与亲缘关系最近的白色类诺卡氏菌（Nocardioides albus）KCTC 9186T的16S rDNA序列相似性为93.73%,可能是一个潜在新属。4.本研究发现了4个潜在的新种:（1）菌株1-22与草地链霉菌（Streptomyces pratensis）ch24T亲缘关系最近,16S rDNA序列相似性是96.78%,可能是链霉菌属（Streptomyces）的潜在新种。（2）菌株3-27与以哥念链霉菌（Streptomyces iconiensis）BNT558T亲缘关系最近,16S rDNA序列相似性是96.66%,可能是链霉菌属（Streptomyces）的潜在新种。（3）菌株3-29与以哥念链霉菌（Streptomyces iconiensis）BNT558T亲缘关系最近,16S rDNA序列相似性是96.34%,可能是链霉菌属（Streptomyces）的潜在新种。（4）菌株33与黄疣伦茨氏菌（Lentzea flaviverrucosa）AS4.0578T亲缘关系最近,16S rDNA序列相似性是95.72%,可能是伦茨氏菌属（Lentzea）的潜在新种。5.泥河湾古遗址分离鉴定的16个放线菌属中有12个属与Illumina MiSeq高通量测序结果一致,其余4个属高通量测序技术没有检测到;而Illumina MiSeq高通量测序技术检测到的37个属中有25个属在分离培养物种未被发现;泥河湾古遗址分离鉴定的16个放线菌属中有9个属与16S rDNA克隆文库结果一致,其余7个属克隆文库技术没有检测到;而克隆文库技术检测到的42个属中有33个属在分离培养物种未被发现。高通量测序分析结果和克隆文库技术的检测结果与物种分离方法之间出现的差异,尚有待于在技术方法上的进一步改进。
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