番茄短节间形成的相关基因挖掘

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番茄(Solanum lycopersicum L.)是世界上广泛栽培的园艺作物,随着种植面积的不断扩大、耕地面积逐渐减少以及劳动力供给的结构性短缺等矛盾日益突出,对农业可持续发展造成严重影响。而矮小、紧凑的理想株型在番茄保护地栽培中可以提早成熟、增强抗倒伏性、适合省力化栽培等优势,对提高番茄栽培效益具有重要意义。目前对于番茄节间长度,特别是关于短节间形成的发育调控研究十分有限。为解析番茄短节间形成的分子调控机制,本研究以两个节间长度不同的番茄自交系‘CH’和‘DH’为研究材料,通过表型鉴定、生理生化分析、细胞学观察、转录组学分析及候选基因生物信息学分析等方法进行深入研究,主要结果如下:1、通过测量6个时期的节间长度,绘制生长动态图,发现两材料在T25时期,除茎粗外,在株高、节间长度方面差异不显著;在T35时期,两材料在节间长度、株高、茎粗均表现出极显著差异。通过细胞学观察发现,短节间番茄‘CH’相对于正常节间番茄‘DH’表现为组织内部细胞长度缩短和细胞占比面积小。通过对两材料两个时期的生理生化指标分析发现,除T25时期的IAAO外,POD、SOD等测量指标均表现出极显著差异。2、对T25、T35两个时期的茎段进行转录组测序,共获得77.36 Gb Clean Data。对T25、T35两个时期差异表达基因通路注释分析,这些基因主要涉及植物激素信号转导通路,通过对该通路进一步分析,筛选出4个(GID1B、GH3.10、ARR3和IAA13)可能是参与调控番茄短节间形成的相关基因。3、对GH3.10基因进行生物信息学和时空表达模式发现,GH3.10基因编码一个含600个氨基酸的蛋白质,经预测该蛋白被定位于细胞质中,蛋白二级结构显示,其包含40.83%的α螺旋、5.17%的β折叠、39.33%的无规则卷曲;经同源性比对分析发现,该蛋白与茄子同属一个分支,同源关系最近,与黄瓜、玉米的同源关系最远。时空表达结果显示,GH3.10在短节间番茄‘CH’中的不同组织部位均发生表达,但在叶部的表达量最高,茎部的表达量次之,根部的表达量最低。
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