ERAP1基因变异与内蒙古汉族寻常型银屑病相关性及与HLA-C~★0602的交互作用

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目的1.探讨ERAP1基因遗传变异与内蒙古汉族寻常型银屑病的相关性。2.以HLA-C*0602分层分析,探讨其与ERAP1交互作用与内蒙古汉族寻常型银屑病易感性的相关性。3.以发病时间分为早发型(发病年龄≤40岁)和晚发型银屑病(发病年龄>40岁)进行分层分析,探讨ERAP1遗传变异与内蒙古汉族寻常型银屑病的相关性。4.以有无家族史进行分层分析,探讨ERAP1遗传变异与内蒙古汉族寻常型银屑病的相关性。方法本实验分为初筛实验和验证实验两个阶段。初筛实验研究对象包含寻常型银屑病病例142例及无银屑病的健康对照100例,验证实验研究对象含1030例寻常型银屑病病例和956例健康对照。收集研究对象外周血(抗凝全血)-80℃保存备用,提取DNA样本。初筛实验通过二代测序法对ERAP1的27个外显子进行测序,筛选有意义遗传变异。验证实验对初筛实验中有意义的遗传变异和既往报道遗传变异共计18个变异位点,采用二代测序法和序列特异性引物聚合酶链式反应检测,分析ERAP1遗传变异与银屑病的关系及HLA-C*0602与ERAP1是否具有交互作用。初筛阶段和验证阶段数据合并分析采用Cochran-Mantel-Haenszel(CMH)方法进行合并分析。对发病年龄(≤40岁及>40岁)及有无家族史分别进行分层分析与寻常型银屑病的关系。所有遗传变异分型数据质控、等位基因及基因率比较采用PLINK1.07软件,通过卡方检验(χ2)比较最小等位基因频率(MAF),并计算最小等位基因的优势比(OR)及其95%置信区间(95%CI),所有统计检验均采用双侧概率检验,以α=0.05为检验标准,P<0.05为差异有统计学意义。结果1.初筛阶段,对ERAP1基因的27个外显子测序后,共测序发现157个遗传变异,经过质控、筛选(去除不符合HWE平衡的遗传变异,去除等位基因频率小于0.01的遗传变异),共有85个遗传变异纳入统计分析。经卡方检验提示有13个遗传变异显示与银屑病具有相关性(P<0.05),分别是rs27980、rs27042、rs27044、rs469876、rs469783、rs469758、rs26510、rs27434、rs998509、rs766222717、rs3734016、rs151949、rs77311599。验证阶段共对18个遗传变异进行分型实验,共有12个遗传变异与银屑病相关。初筛阶段和验证阶段数据合并分析后,结果提示与内蒙古汉族人群寻常型银屑病ERAP1基因相关的变异位点为12个,分别是:rs27980_G(P=0.002,OR=0.82),rs469876_G(P=0.013,OR=0.84),rs77311599_T(P=0.008,OR=0.63),rs998509_A(P=0.003,OR=0.77),rs766222717_C(P=0.001,OR=0.75),rs3734016_T(P=4.56×10-04,OR=0.73),rs27044_G(P=0.003,OR=1.20),rs469783_C(P=2.57×10-05,OR=1.32),rs469758_C(P=8.50×10-06,OR=1.33),rs26510_C(P=8.44×10-06,OR=1.33),rs30187_T(P=3.94×10-04,OR=1.25),rs27434_A(P=0.002,OR=1.22)。而rs27042_A、rs2287987_C、rs17482078_T、rs26653_G、rs10050860_T、rs151949_T与银屑病无明显相关性(P>0.05)。2.以HLA-C*0602阴性、阳性进行分层分析ERAP1遗传变异与内蒙古汉族人群寻常型银屑病的相关性,结果示在HLA-C*0602阳性时,rs469783_C(P=0.036,OR=1.29)、rs469758_C(P=0.030,OR=1.31)、rs26510_C(P=0.047,OR=1.28)与银屑病有明显相关性,在HLA-C*0602阴性时无明显相关性。3.以是否有银屑病家族史进行分层分析,结果示在家族史阳性的病例中共8个ERAP1遗传变异在病例组和对照组的等位基因频率有显著差异,其分别是:rs469783、rs469758、rs30187、rs26510、rs27434、rs998509、rs944222717、rs3734016(P<0.05)。在家族史阴性的患者中有9个ERAP1遗传变异在病例组和对照组的等位基因频率有显著差异,分别是:rs27044、rs469783、rs469758、rs30187、rs26510、rs77311599、rs27434、rs766222717、rs3734016(P<0.05)。4.以发病年龄分为早发型(发病年龄≤40岁)和晚发型银屑病(发病年龄>40岁)进行分层分析,统计结果显示在早发型银屑病中,有8个ERAP1遗传变异遗传变异与银屑病具有相关性,分别为:rs27044、rs469783、rs469758、rs30187、rs26510、rs27434、rs766222717、rs3734016(P<0.05)。在晚发型银屑病中有2个ERAP1遗传变异与疾病有相关性,分别是rs27980和rs3734016(P<0.05)。结论1.通过两阶段关联分析研究,ERAP1基因的12个遗传变异与内蒙古汉族寻常型银屑病有相关性,其中rs27044_G、rs469783_C、rs469758_C、rs26510_C、rs30187_T、rs27434_A是银屑病发病的危险因素;rs27980_G、rs469876_G、rs77311599_T、rs998509_A、rs766222717_C、rs3734016_T是银屑病发病的保护性因素。2.HLA-C*0602与ERAP1基因可能存在交互作用,影响内蒙古汉族人寻常型银屑病易感风险。在HLA-C*0602阳性样本中,ERAP1遗传变异rs469783_C、rs469758_C、rs26510_C与寻常型银屑病有相关性,是银屑病的危险因素。3.按发病年龄分层分析结果提示:早发型和晚发型寻常型银屑病相关的ERAP1基因遗传变异有所差异。rs766222717_C仅在早发型银屑病中是保护因素,rs27044_G、rs469783_C、rs469758_C、rs30187_T、rs26510_C、rs27434_A仅在早发型银屑病中是危险因素。rs27980_G仅在晚发型银屑病中是保护因素。rs3734016_T无论在早发型还是晚发型银屑病均为银屑病的保护因素。4.按家族史分层分析结果提示,有家族史和无家族史寻常型银屑病相关联的遗传变异有相同也有差异:rs469783_C、rs469758_C、rs30187_T、rs26510_C、rs27434A、rs766222717C、rs3734016T无论是否有无家族史,均与银屑病有相关性。rs998509A仅与有家族史的银屑病有相关性;rs77311599T、rs27044G仅与无家族史银屑病有相关性。
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