本文以马列主义、毛泽东思想和邓小平关于建设有中国特色的社会主义理论为指导,以全面建设和谐社会为目标,从经济与金融和谐发展的角度,以坚持农业经济可持续发展为中心,通过系统回顾和借鉴现代农业发展理论、资本市场与经济发展理论的基础上,加以分析和运用,提出现代农业与资本市场的一种耦合关系,并从功能范式上界定研究的基本范畴和分析基点。同时,借鉴集合论的思想,运用系统分析方法,建立二者耦合发展的关系,并规范性的定义和解释现代农业与资本市场耦合发展的概念内涵,根据耦合理论对二者耦合关键域的要素进行分析,进一步揭示二者耦合发展的实现机理,试图立足于经济发展的现阶段,从现代农业发展、资本市场发展及政府驱动三个方面分析促进二者耦合发展的因素。接着,从数量方面为二者的耦合关系提供实证,通过运用比较分析的方法,对二者耦合关系中产生的问题进行分析。同时,围绕耦合发展关系的生成,从营造宏观制度环境、解除现代农业发展约束、强化资本市场功能三个方面提出政策建议。本文认为兵团现代农业发展过程中出现的深层次矛盾,是农业本身解决不了的,必须要跳出农业,解决约束农业发展的问题。通过资本市场将资本经营引入农业化,是加速传统农业向现代农业转变的必然选择,这也是由资本市场的特征及农业发展的特点共同决定的。