司法确认制度从2007年甘肃省定西市中级人民法院率先试点到2012年写入最新修订的民事诉讼法,已走过了五年的历程,寄予了最高层各种美好的价值预期,但从司法实践来看,该项制度的运行情况不尽如人意,遭遇了“上热下冷”的尴尬。新化县人民调解组织、队伍、经费保障的数据表明,人民调解存在人民调解委员会组织行政化趋势明显、人民调解员队伍素质偏低、调解经费保障严重不足等问题；从2009年至2012年新化县人民调解工作情况数据表明,人民调解工作呈现出“两高两增”的特点(协议自动履行率高、口头协议比例高、主动和接受委托调解逐年上升、调解难度系数不断增大)；2009年至2012年新化县人民法院总计受理的85件涉及司法确认的案件分析发现,除5件以诉讼方式结案外,其余80件司法确认案件均以调解书的形式间接确认人民调解协议效力,司法确认制度处于“休眠状态”。在发放调查问卷、查阅案卷、召开座谈会等大量调研基础上,结合社会学的相关理论,从主体、制度和司法环境三个层面对造成司法确认制度实践问题的原因进行了逐层探究。主体上,当事人不知或不愿申请确认,对司法确认存在认识错误；人民调解员基于利益考虑往往不予告知；法官基于多重角色的冲突选择调解方式。制度上,司法行政机关和法院在启动、具体运作、协作配合等方面存在问题。司法环境上,国家法与民间法的冲突、大量有瑕疵的人民调解协议的存在、执行难的现状都是造成司法确认没有落实的原因。针对以上原因分析,从梳理文本不足、更新确认理念、畅通运行机制、破解操作难点四个方面提出了若干建议与意见：首先从立法层面上弥补司法确认制度文本规定上的空缺,理清了适用范围、申请主体、审查内容和案外人救济等具体的实践问题；其次在制度层面上建议将司法确认告知环节嵌入人民调解工作中,完善司法行政机关与法院的协作,完善司法确认制度的保障和激励机制；最后针对大量瑕疵协议的问题提出了进行矫正确认的对策。