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鸡传染性支气管炎(Infectious bronchitis, IB)是由鸡传染性支气管炎病毒(Infectious bronchitis virus, IBV)引起的一种高度接触性、急性呼吸道传染病。目前该病在全世界传播流行广泛,给养禽业造成严重的经济损失。由于该病毒频繁出现基因的突变和重组现象,导致很多不同基因型和血清型毒株的出现,而且这些毒株间的交叉保护性较低,甚至不存在交叉保护性,因此分析IBV基因组的结构特点有助于对传染性支气管炎进行防控。本研究以IBV SC021202株作为参考毒株设计了20对引物,利用RT-PCR法对IBVHH06株的内部基因组序列进行分段扩增,同时利用RACE Kit试剂盒对基因组的非编码区5’UTR和3’UTR进行扩增,对扩增得到的所有片段进行克隆及序列测定。将测序结果进行拼接,并且利用DNAStar软件和MEGA5.0软件对其全进组及各个基因序列进行生物信息学分析。结果显示IBV HH06株全基因组由27663个核苷酸组成,具有典型IBV基因序列特征。对不同毒株的全基因组及各个基因的序列大小进行比较,发现各毒株间3a、3b、5a、5b和N基因长度最保守,序列大小一致；5’UTR、3b、E和M基因进化相对较保守,序列大小差异较小；基因的缺失和插入主要发生在1a、1b、S基因和3’UTR区域。同源性分析比对结果显示,HH06株与其它毒株全基因组的核苷酸同源性在86%-96%之间,其中与SC021202株同源性最高,而与BJ株同源性最低；各个基因同源性比较中5’-UTR、ORF1b、E、M、5a、5b和N基因同源性相对较高可达80%-99%。全基因组及各个基因序列的系统进化树分析显示,在所有系统进化树中HH06株始终与SC021202株具有较近的亲缘关系,而与Mass型毒株亲缘关系较远。各毒株的不同基因进化树进化分支情况也有所差异,这与不同基因在进化过程中的保守性和变异情况有关。根据S1基因对不同毒株进行分型,结果显示HH06株属于HN08型。同时对不同毒株的S基因裂解位点进行比对分析,不同血清型的毒株其裂解位点不尽相同并且裂解位点的氨基酸位置也有所差异,分析这可能是由于基因的突变、缺失和插入造成的,该病毒的裂解位点是536-540位的RRFRR。此外,重组和压力选择分析表明HH06株可发生重组和正向压力选择现象。对传染性支气管炎病毒(IBV)HH06株M蛋白的抗原性和亲疏水性进行分析,去除跨膜区后的M膜内区基因成功亚克隆于pET-30a(+)和PVAX1载体中。将阳性重组质粒pET30a-M转化E. coli Rosetta(DE3)感受态细胞,诱导表达获得20ku重组M蛋白。Western-blot检测表明,重组蛋白能够与IBV参考阳性血清反应。以纯化重组M蛋白免疫新西兰白兔制备多克隆抗体,其ELISA效价达到1:218; Western-blot结果证实,其具有良好的反应性和特异性。间接免疫荧光试验表明,抗M蛋白多克隆抗体可以检测到PVAX-M1转染BHK-21细胞所表达的M蛋白,且与IBV HH06毒株具有很好的特异性反应。病毒感染抑制试验表明,多抗血清对IBV Beaudette株的抑制率可达到25.9%。上述研究结果为IBV检测及M蛋白功能的深入研究奠定了基础。