近年来,如何解决好“三农”问题作为我国全面建设小康决胜期的重要任务之一,不仅是保障民生之本,更是推动产业进步之源。在面对国内外经济下行形势的同时,坚定不移地巩固和发展“农业农村优先发展,实施乡村振兴战略”是现阶段的关键任务。邓小平将生产力理论和科学观总结为“科学技术是第一生产力”,认为科技创新是生产力发展的决定性因素。因此,政府应加强对农业上市公司科技创新方面的指导,保障其研发活动的顺利开展,为提升企业财务绩效提供技术手段支持。农业上市公司应大力推进农业科技创新,带动农业产业向专业化、市场化转型,完善产业布局,提升产业地位,进一步保证农业经济的平稳快速发展。本文以理论分析为基础,将实证分析与案例研究相结合,通过查阅相关文献,梳理研发投入与财务绩效两者的概念、理论以及影响路径,对我国农业上市公司进行整体概述。使用Eviews9对2010-2018年间我国164家农业上市公司进行实证分析,结果表明两者之间总体存在显著的正相关关系,说明研发投入与财务绩效相互影响,企业加大对研发活动的投入能够有利于财务绩效的提升,财务绩效的提升能为企业研发活动带来更多的资金支持,以保证研发活动的顺利开展。为更深入了解研发投入与财务绩效两者间的相互影响机制,选取隆平高科和敦煌种业两家具有代表性的农业上市公司进行案例分析,通过对案例公司研发投入与财务绩效情况的分析,研究结果表明研发投入与财务绩效之间存在专利产出的中介效益,结合前文发现我国农业上市公司研发投入与财务绩效之间存在“研发投入-专利产出-产品差异-成本效益-财务绩效-研发投入”的相互影响机制。因此,本文站在政府和农业上市公司两个层面分别提出相应对策,为农业上市公司和农业企业通过加大研发投入提升财务绩效提供切实可行的建议。