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草鱼(Ctenopharyngodon idella)是世界上养殖产量最高的鱼类。近些年来由于种质资源出现衰退现象,亲本后代主要经济性状有所退化,对草鱼种质资源的保护和开发工作亟待开展。本研究通过对三江水系(长江、珠江、黑龙江)草鱼进行完全双列杂交,并对获取的草鱼组合进行生长性能对比;采用微卫星多重PCR分析方法分析了草鱼组合的遗传变异参数。使用草鱼组合来开发IGF-2a基因中生长性状相关SNP位点,为草鱼种质评价与利用提供理论依据,为进一步草鱼的品种更新和遗传改良打下基础,本实验课题包括以下三个方面:1.对草鱼9个组合80日龄和170日龄体重与体长进行对比。结果表明,在80日龄阶段,杂交组合普遍较自繁组合体现出生长优势,到170日龄阶段,各组合间生长差异逐步显著。各个组合的两个时间段体重数据均显示,长江♀×珠江♂(CZ)>珠江♀×长江♂(ZC)>珠江♀×黑龙江♂(ZH)>黑龙江♀×珠江♂(HZ)>长江♀×黑龙江♂(CH)>黑龙江♀×长江♂(HC)>长江♀×长江♂(CC)>珠江♀×珠江♂(ZZ)>黑龙江♀×黑龙江♂(HH)。草鱼绝对增长率,80日龄至170日龄生长区间中,长江♀×珠江♂(CZ)组合增长速度最快(AGR=0.166),黑龙江♀×黑龙江♂(HH)组合增速在9个组合中最低(AGR=0.079),其中6个杂交组合普遍增重率比自繁组合更高,杂交组合体现较大优势。草鱼长江♀×珠江♂(CZ)组合的相对增重率在9个组合中最高(RGR=0.035),黑龙江♀×黑龙江♂(HH)与黑龙江♀×长江♂(HC)相对增重率(RGR)均为0.025。以上数据表明,草鱼长江♀×珠江♂(CZ)组合为代表的杂交组合体重与生长速度较自繁组合体现明显优势。2.采用多重PCR技术对草鱼9个组合进行了微卫星序列遗传变异分析。结果显示,草鱼9个组合平均等位基因数(Na)为5.75-12.33,平均有效等位基因数(Ne)为3.8077-6.3065,平均观测杂合度(Ho)为0.7682-0.9036,草鱼9个组合均显示出较高的遗传多样性水平,平均期望杂合度(He)为0.8385-0.6210,12个草鱼微卫星位点多态信息含量(PIC)分别为0.892、0.823、0.857、0.894、0.927、0.859、0.850、0.859、0.907、0.929、0.879 和 0.749,均表现为高度多态位点(PIC=0.749-0.929)。基于不同组合的Nei’s遗传相似性和遗传距离构建的UPGMA系统发育树显示,采用完全双列杂交获得的草鱼9个组合,其中杂交组合遗传多样性与遗传分化信息普遍高于自繁组合,可以说明总体的杂交效果较为明显,不同地理来源的草鱼群体杂交育种能够更好的体现远缘杂交优势,为草鱼优良品系的选育提供理论依据。3.本课题中,在草鱼IGF2-a基因序列进行拼接并检测出10个SNP位点,并与草鱼重要经济性状体长、体质量、肥满度等进行了关联分析。结果显示,检测到的10个位点中8个位点与生长性状显著相关。研究表明,经完全双列杂交得到的草鱼组合遗传多样性高,如果这些变异位点能与生长经济性状很好的关联在一起,那么将助于分子标记辅助育种。在本课题研究中,通过各突变位点分析发现,SNP1,SNP2,SNP3,SNP4,SNP5,SNP6,SNP7,SNP10 这些位点的突变基因型在草鱼初期生长发育过程中对体长与体质量表现显著差异,而SNP11与SNP12这两个位点在草鱼体长与体质量方面未表现出显著关系。我们可以推测以上几个位点对草鱼初期生长发育具有良好的突变优势。