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目的:碳青霉烯耐药鲍曼不动杆菌（carbapenem-resistant Acinetobacter baumannii,CRAB）的广泛流行,给临床抗感染治疗带来严峻挑战。随着全基因组测序（whole genome sequencing,WGS）时间与成本的不断降低,基因组流行病学研究为有效监测与防控临床多重耐药菌的传播提供了全新视角。本研究旨在明确杭州地区分离的CRAB基因组流行病学特征,并结合多种生物信息学数据分析方法,探索WGS预测CRAB体外药物敏感性的可行性。方法:本研究于2015年1月28日～2018年6月1日期间在浙江省人民医院和中国人民解放军第一一七医院收集68株临床分离的鲍曼不动杆菌,对所分离的菌株采用平板稀释法及微量肉汤稀释法测定其对13种常见抗菌药物的最小抑菌浓度（minimal inhibitory concentration,MIC）,并采用第二代高通量测序平台Illumina Hi Seq X Ten进行全基因组测序。使用shovill工具对基因组测序原始数据进行低质量过滤与组装,并移除片段长度<250 bp的序列。结合WGS数据与菌株临床资料,对所有鲍曼不动杆菌基因组序列采用核心基因组多位点序列分型（core genome multilocus sequence typing,cg MLST）与核心基因组单核苷酸多态性（core genome single nucleotide polymorphism,cg SNP）2种策略,并结合Bac WGSTdb与Snippy工具进行菌株系统发育关系分析;使用Abricate工具调用Res Finder数据库批量识别菌株携带的耐药基因,ISsaga工具分析可移动元件,Ariba工具计算各耐药基因的拷贝数。采用高通量实时荧光定量PCR检测各菌株携带耐药基因的表达量。最后,应用SPSS 23.0软件与R语言ggpolt2包进行统计学分析与分析结果的可视化。结果:体外药敏试验结果显示CRAB对米诺环素的耐药率为36.76%,除替加环素和多粘菌素外,CRAB对绝大部分测试的抗菌药物耐药率均大于75%。Oxford MLST分型结果显示,68株鲍曼不动杆菌共分为10个ST型,包括7种已知ST型和3种新型,其中ST208型菌株最多,其次是ST191和ST195型,其中65株属于鲍曼不动杆菌CC92克隆复合体。结合菌株ST型和体外药敏试验结果进行统计学分析发现,罕见ST型比常见的ST型对常用抗菌药物更敏感（P<0.05）。来自两家医院的菌株具有较高的克隆一致性,除罕见ST型菌株（A52、A42、A22）外,其他菌株间亲缘关系十分接近。cg SNP策略将菌株主要划分为2个进化簇,其中菌株间SNP差异数最小为1,最大为630。最小生成树（cg MLST策略）将这些菌株主要划分为4簇,同一簇内的菌株等位基因差异数小于10个。统计结果表明,CRAB对13种抗菌药物耐药表型与基因型间的一致性差异较大。根据抗菌药物种类划分,β-内酰胺类为97.06%,氨基糖苷类为92.65%,大环内酯类为73.53%,磺酰胺类为77.94%,四环素类为77.94%。耐药基因的有无与抗菌药物敏感性二分类——敏感/不敏感（S/NS）的一致性系数高于其与抗菌药物敏感性三分类——耐药/中介/敏感（R/I/S）。部分耐药基因达到了较好的预测效果,如bla OXA-23与5种β-内酰胺类抗生素（IPM,FEP,CAZ,CTX,PIP）的S/NS一致性系数为1.000,tet B与米诺环素S/NS的一致性系数为1.000。CRAB携带的绝大部分耐药基因以单拷贝的形式存在,少数出现2个或3个拷贝,各耐药基因的表达量数值差异较大。多元线性回归分析结果显示,3种数据模型中,抗菌药物与鲍曼不动杆菌耐药基因的表达量建立的模型校正R2最低,例如耐药基因的有无、拷贝数和表达量与亚胺培南的模型R2分别为0.756、0.470和0.160。结论:CC92仍是CRAB在医院流行的主要克隆,不同医院间存在部分近缘克隆传播的迹象,需加强医院感染防控;基于WGS预测CRAB体外药物敏感性结果提示,CARB携带耐药基因的有无对其耐药表型二分类判定（S/NS）具有一定的预测能力,其中bla OXA-23基因之于β-内酰胺类抗生素,tet B之于米诺环素具有较好的预测效果。