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棉花是第一大天然纤维作物，棉纤维（Cottonfiber）是世界上最重要的纺织原料之一，具有十分重要的经济价值。在长期的进化演化过程中，棉花种子以其种子表面纤维的发育状况，可将棉花分成毛籽、光籽和裸籽三类。棉花种子表面纤维既有绒纤维或称长绒纤维（lint）又有短绒（fuzz）我们称之为毛籽（fullhairedseeds）；棉花种子表面纤维有长绒无短绒，称之为光籽（nakedseeds），棉花种子表面既无长绒又无短绒，称之为裸籽（fuzzless-lintlessseeds）。弄清楚棉花种子表面纤维（长绒或短绒）的遗传规律及其控制长绒和短绒发育的分子机理是植物遗传学和分子生物学家一直关注的研究热点。
本研究利用在纤维性状上有明显差异的四个棉花品种：99B（毛籽棉，陆地棉）、FLS2123（裸籽棉，陆地棉）、ZYS20（光籽棉，陆地棉）、VH8（毛籽棉，海岛棉）作为棉花实验材料。2007年1月利用以上4个棉花材料作为亲本组配了4个杂交组合，其组合分别为：99B（毛籽）×FLS123（裸籽）、99B（毛籽）×ZYS20（光籽）、ZYS20（光籽）×FLS123（裸籽）、99B（毛籽）×VH8（光籽）。2007年2月得到以上四种组合的F1代种子并开始种植，2007年5月得到以上四种组合的F2代群体种子。统计其F1种子棉纤维性状，并种植F2代种子。F2长成植株后提取其叶片DNA。用242对JESPR系列的棉花的SSR标记对以上4个组合的亲本和其F2代群体进行SSR-PCR多态性分析。试图通过F2群体的分离特点进一步了解棉花纤维分化和发育的遗传规律和定位与棉花纤维发育相关的分子标记。
研究表明：棉花纤维长绒长度在F2群体中呈较好的正态分布，由此认为棉花长纤维长度的发育是一种由多基因控制的复杂数量性状遗传。在用242对JESPR系列SSR标记对99B（毛籽）×FLS2132（裸籽）的F2群体进行SSR-PCR分析时，发现与99B（毛籽）的长绒性状有连锁关系的共分离标记的8个标记：JESPR-101，JESPR-153，JESPR-154，JESPR-158，JESPR-204，JESPR-222，JESPR-191，JESPR-300，分析认为这些标记与长绒的分化基因有关。
而就棉花纤维短绒的发育，在供试组合的F2代群体中，杂交组合99B和ZYS20及99B和VH8，亲本99B为毛籽而ZYS20和VH8均为光籽的情况下其F1棉籽均表型表现为毛籽，而F2分离株的棉籽短绒分离情况不同，前者出现分离，后者没有分离（全为毛籽）。99B×FLS2132组合棉纤维短绒性状在F2群体中有分离，而ZSY20×FLS2132组合棉纤维短绒性状在F2群体中没有分离（全为光籽），以上可以推断控制短绒和长绒分化与发育的基因并非同一组基因，并且由此推断出四个亲本的几种可能的控制短绒发育的基因型：99B可能的情况为：ii，susu，Ft1Ft1，Ft2Ft2，Ft3Ft3，FcFc；ii，susu，Ft1Ft1，Ft2ft2，Ft3ft3，Fcfc；VH8可能的情况为：Ii，Susu，Ft1Ft1，Ft2Ft2，Ft3Ft3，FcFc；Ii，susu，Ft1Ft1，Ft2Ft2，Ft3Ft3，FcFc，ZYS20可能的情况为：Ii，Susu，Ft1ft1，Ft2ft2，Ft3ft3，Fcfc；Ii，susu，Ft1ft1，Ft2ft2，Ft3ft3，Fcfc；ii，Susu，ft1ft1，ft2ft2，Ft3Ft3，fcfc，FLS2132可能的情况为：Ⅱ，SuSu，Ft1ft1，Ft2ft2，Ft3ft3，Fcfc；Ii，Susu，Ft1ft1，Ft2ft2，Ft3ft3，Fcfc。并推断出其四个组合的F1代的可能基因型。据F2群体中长绒的长度和短绒的密度的数据进一步统计分析表明，棉花长绒的长度与短绒分布的密度间存在着相关性，在长绒和短绒均存在的情况下，长绒的长度越长密实度越大其短绒分布的密度也越大，初步证实短绒由胚珠细胞分化出来后，短绒的发育与长绒的发育同步，或者受共同的基因所调控。
本研究利用棉花JESPR系列SSR标记对4个组合的亲本及其F2群体进行了SSR-PCR分析，在各个亲本间获得了有多态性的SSR标记，同时发现在供试亲本间、组合间具有共同多态性的标记，如标记JESPR-158，在亲本ZYS20（光籽）和FLS2132（裸籽）间有多态性，在99B（毛籽）和ZYS20（光籽）间也具有相同的多态性，多态性条带的带型相同。标记JIEPR-50则分别在亲本99B和ZYS20与亲本99B和VH8间都表现出多态性，但是多态性条带的带型不同。这些带有穿梭性质的SSR标记有助于了解分子标记与纤维发育的性状相关，也是研究棉花纤维性状与其它农艺性状的相关性的理想标记。
本研究并试图用99BxZYS20的F2代群体找到控制短绒（fuzz）发育的基因，虽然在利用对其群体的遗传聚类分析其分离情况基本良好，结果没有在棉花JESRP系列SSR标记中找到与其短绒性状连锁的标记，但为进一步研究提供了基础和参考。本研究没有找到连锁标记的原因可能是JESRP系列的SSR标记数量有限，并由于上述组合的亲本间遗传相似性高使得在其亲本间多态性不高的所致。