窄冠黑白杨杂种优势的MSAP和cDNA-AFLP的研究

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为了推动平原农区林业的发展,科研团队从20世纪70年代,就开始致力于窄冠型杨树的杂交育种工作,先后选育出了适合农田林网的四大类窄冠型杨树系列,分别为窄冠白杨(五个无性系)、窄冠黑青杨(四个无性系)、窄冠黑杨(五个无性系)及窄冠黑白杨,其中窄冠黑白杨的窄冠型尤为突出。为了解释窄冠黑白杨窄冠型杂种优势形成的分子机理,以便更好地利用窄冠黑白杨的杂种优势。本实验利用MSAP和cDNA-AFLP技术从表观遗传学和遗传学两方面研究窄冠黑白杨的杂种优势,揭示杂种窄冠黑白杨杂种优势的形成机理,探索窄冠黑白杨及其亲本在其DNA甲基化及核酸层面与杂种优势之间的关系。研究结果如下:1、本实验采用MSAP技术,构建了窄冠黑白杨及其亲本的MSAP扩增图谱,从105对MSAP选扩增引物中筛选出46对扩增图谱清晰、甲基化多态性丰富、条带重复性好的选扩引物组合,共扩增获得1747条清晰可辨且可重复的DNA条带。获得了杂种窄冠黑白杨基因组DNA甲基化水平为35.31%,全甲基化水平为24.47%;半甲基化水平为10.65%;母本美洲黑杨I-69/55基因组DNA甲基化水平为39.89%,全甲基化水平为24.63%;半甲基化水平为15.26%;父本窄冠白杨4号基因组DNA甲基化水平为44.18%,全甲基化水平为28.10%;半甲基化水平为16.08%。比较可知杂种窄冠黑白杨的甲基化水平低于其亲本的甲基化水平,其均以内侧双链胞嘧啶甲基化发生为主。2、统计46对选扩引物的MSAP扩增图谱的Page图获得1747个位点,其中单态性(A)位点为1078个,占总扩增位点数的61.71%;多态性(B、C、D)位点为669个,占38.29%。说明绝大部分的DNA甲基化模式均由亲本遗传给子代。多态性(B、C、D)位点中,B类去甲基化变异位点为497个,占多态位点的74.29%;C类超甲基化变异位点只有137个,占20.48%;D类发生复杂变异的甲基化变异位点有35个,占5.23%。结果显示,去甲基化变异的发生频率远远高于其他变异的发生频率。3、对部分甲基化变异条带进行回收克隆测序,将得到的14条DNA序列进行同源性比对得到丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶,糖基转移酶,香豆酸辅酶等功能基因,这些基因在不同程度上与植物的生长发育相联系,表明窄冠黑白杨甲基化变异发生于全基因组范围内。4、采用cDNA-AFLP技术,构建了窄冠黑白杨及其亲本的cDNA-AFLP扩增图谱,扩增获得761修饰位点,其中单亲沉默表达类型所占比例最高,为36.97%;亲本显性表达类型所占比例最低,为14.32%;杂种特异表达型、双亲沉默表达型、单态表达类型分别占21.42%、17.35%、17.08%。5、利用BLASTn分析回收cDNA-AFLP图谱变异条带得到的19条DNA片段进行同源性分析,得到丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶,糖基转移酶家族的纤维素合酶,泛素激活酶,ARGOS-like重复序列家族蛋白等功能基因。
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