处于长江河口的崇明东滩是中国重要的湿地,其对长江流域带来的硝酸盐、铵盐以及其他有机物的清除具有重要的作用。目前国内针对氮循环细菌的研究多集中在活性污泥和污水处理器等方面,鲜少涉及其在土壤特别是湿地中的群落结构分析。本实验选取了崇明东滩的26个土壤样品,利用细菌amoA基因(氨氧化细菌)、古菌amoA基因(氨氧化古菌)、细菌nosZ基因(反硝化细菌)这三种分子标记,采用荧光定量PCR、克隆文库构建、系统发育分析、生物统计学计算、末端限制性内切酶片段分析为主要方法,研究不同围垦、不同盐度、不同潮位、不同植被、不同季节的土壤的理化性质、土壤活性(硝化、反硝化)与氨氧化、反硝化微生物种群结构的关系。研究发现,土壤理化因素对土壤活性(硝化、反硝化活性)和氮循环相关微生物的有不同程度的影响。盐度对氨氧化与反硝化微生物影响较大,高盐度抑制土壤活性(硝化、反硝化活性);低盐度土壤氨氧化与反硝化微生物群落多样性更低。高盐度土壤中氨氧化细菌、氨氧化古菌、反硝化细菌群落结构相似,但优势菌比例不同。pH值偏低或偏高都抑制土壤活性(硝化、反硝化活性);氨氧化、反硝化微生物最适的pH值为中性偏碱。植物种类对土壤活性(硝化、反硝化活性)与微生物的影响比较明显。芦苇地的土壤活性(硝化、反硝化活性)比互花米草地高;不同植物的土壤中,氨氧化功能基因分布不同;植物种类对优势种群有选择性。芦苇地的氨氧化细菌群落多样性比互米地高;互米地的氨氧化古菌群落多样性比芦苇地高。土壤活性(硝化、反硝化活性)随季节的变化明显,硝化率在冬季更高,反硝化率在夏季更高。不同围垦类型的土壤中,三种微生物在光滩、荒地和农田中的种类和分布不同,荒地与农田的氨氧化与反硝化微生物更为相似。另外,系统发育分析表明,与所检测到的序列相似的已知序列,都来自土壤或沉积物。本研究得到的结果,对于建立河口氮循环模型、进一步研究滩涂在全球氮循环中的影响以及在环境保护中的重要意义。