作为高技术产业中的典型代表,近年来医药制造业和电子及通信设备制造业一直在提高我国高技术产业的整体创新能力,并在推进我国实现科技型创新型国家过程中起到重大的作用。2013年我国医药制造业和电子及通信设备制造业分别创造了2632亿和1.36万亿的新产品销售收入,医药制造业和电子及通信设备制造业所创造的新产品销售收入总和占五类高技术产业新产品销售收入总和达百分之六十以上。学术界广泛认同产业集聚对创新的推动作用,但是何种类型的产业集聚,是Marshall提出,Arrow和Romer进行发展的专业化集聚有利于地区产业创新,还是Jacobs提出的多样化集聚有利于地区产业创新,由于研究对象、时间和区域的不同,尚未达成一致的结论。不同的产业集聚结构对高技术产业创新能力的提高有着显著的差异性。因此,通过实证研究近年来我国的医药制造业和电子及通信设备制造业的集聚结构与相应地区创新绩效的相关关系,对于探究不同产业不同地区应当采取怎样的产业结构,是采取单一产业的专业化集聚还是采取不同产业的多样化集聚,这不但有利于中央政府实现国家高新区的科学布局和有序发展,还对我国最终实现“十二五”发展规划纲要中的“四个提升”,具有重要政策导向作用。本文运用EVIEW6.0软件,通过面板模型对影响两类高技术产业创新绩效提高的各个因素分别进行从2005年到2012年共8年的回归分析。结果显示,从全国范围以及东、中、西地区来说,无论是医药制造业还是电子及通信设备制造业,创新资本和创新劳动力都能在百分之一的显著性水平内正向地促进两类高技术产业创新绩效的提高;从全国范围来看,对于两类高技术产业,专业化集聚指数都能在百分之五的显著性水平内正向的促进创新绩效的提高,而多样化集聚指数都能在百分之十的显著性水平内负向的抑制创新绩效的提高；对于东部、中部、西部地区,专业化和多样化集聚指数对特定区域创新绩效有着不同的相互关系,总的来说,专业化集聚指数与创新绩效呈现倒“U”型的相关关系而多样化集聚指数与创新绩效呈现正“U”型的相关关系；笔者研究发现,同一高技术产业专业化集聚系数与多样化集聚系数呈现明显的正相关关系,因此创新性地提出公共集聚指数概念,通过分类公共集聚指数较大和较小的两类高技术产业,根据面板回归结果发现,全国范围内电子及通信设备制造业公共集聚系数较小的区域证明了笔者专业化集聚程度、多样化集聚程度分别与创新绩效呈倒“U”形和正“U”形的原假设,电子及通信设备制造业公共集聚系数较大的区域拒绝了专业化集聚程度、多样化集聚程度分别与创新绩效呈倒“U”形和正“U”形的原假设,此外医药制造业公共集聚系数较大和较小的区域也都部分地证明了原假设。