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目的:了解1998-2009年浙江省H3N2亚型流感病毒在全基因组层面上的氨基酸变异状况、糖基化位点变动、进化情况、可能存在的抗原位点,及这些特性改变与流感流行之间的关系,并探讨全基因组所反映的H3N2亚型流感病毒变异情况与HA基因的一致性。方法:选择浙江省疾病预防控制中心流感实验室于1998-2009年流感疫情中分离保存的H3N2亚型流感流行代表株19株,采用逆转录聚合酶链反应对流行株进行全基因组序列扩增,序列测定后使用MEGA4.0、DNAStar5.0.221.0、BioEdit5.0.6、PAML3.15等生物信息学软件进行8个基因片段的拼接、比对和分析工作,并将这些毒株与10株同期H3N2亚型流感疫苗株进行全序列及HA1基因的系统进化比较,通过氨基酸替换比较、熵值计算以及正向选择位点的筛选,确定各基因上的氨基酸易变位点。结果:H3N2亚型流感流行株HA和NA基因的氨基酸变异率最高,分别为13.98%和10.00%;其它6个内部基因所表达的蛋白中,除NP、M2和NS1 (氨基酸变异率分别为6.43%、6.19%和3.48%)外,其它蛋白的氨基酸变异均小于3%。但HA和NA基因上还有29%和77%的变异位于已知抗原决定簇之外的区域,而内部基因中也有部分氨基酸位点容易发生变异。1998年和2002年浙江流行株与疫苗株之间的同源性差异在许多基因上都超过了最近2007-2009年浙江流行株之间的差异。全基因序列可以较HA基因更为全面地反映出流行株之间总体上的亲缘关系与进化规律,NP等内部基因系统进化树显示有基因重组的现象。小结:1、当HA基因和部分内部基因的关键位点同时发生变化时,可能会促进新毒株的形成,引发新一轮的H3N2亚型流感的流行。2、HA和NA基因上的糖基化位点均有增多的趋势,在不同基因以及相同基因的不同区域之间,糖基化位点的变动对毒株基因特性的影响可能并不相同。3、浙江省流行株在1998-2009年间没有发生谱系之间的转换,H3N2亚型流感病毒可能并不存在周期性的变异规律。4、在流感较大范围流行时,8个基因均会呈现不同程度的变异,以HA1基因和全基因序列构建的进化树均能反映浙江省H3N2亚型流感病毒的进化规律,但全基因系统进化树更能体现流行株的时间顺序和地域聚集倾向。5、WHO推荐的H3N2亚型流感疫苗对于浙江省流行株来说,在除NS之外的基因上均存在明显的滞后性,疫苗株对我国人群的保护性并不理想。6、H3N2亚型流感病毒可能潜在的抗原位点主要包括:HA的第3、225、361位氨基酸;NA的第93、143、147、150、215、307、372位氨基酸;PB1的第113、576、586位氨基酸;PA的第101、256、382、421、437位氨基酸;NP的第377、450位氨基酸;M1的第218位氨基酸以及M2的第31位氨基酸。7、从全基因组的层面上,在发生H3N2亚型流感流行的年份,毒株的进化率较高。