METTL3介导的m~6A修饰调控circ-TNFRSF19翻译促进胶质瘤恶性进展机制研究

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脑胶质瘤是中枢神经系统最常见的原发性恶性肿瘤,其中胶质母细胞瘤(Glioblastoma,GBM)的恶性程度最高,复发及放化疗抵抗现象明显。尽管伴随手术方式和辅助治疗措施地大幅改进,但其预后仍远不能令人满意,GBM患者平均中位生存时间仅为14.6个月。因此,了解GBM起源和进展的分子机制至关重要,肿瘤的发生发展是一个复杂的过程,通常由异常的遗传或表观遗传变化引起。表观遗传异常主要发生在DNA、RNA和组蛋白修饰等层面,对于RNA而言,目前已鉴定出了百余种类型的转录后修饰,其中,N6-甲基腺苷(m~6A)修饰是最常见的修饰类型之一,约占总甲基化核糖核苷酸的50%。m~6A修饰作为真核细胞中最主要的m RNA修饰形式,是一个可逆的化学过程,由甲基化转移酶和去甲基化酶的平衡活性动态控制。其中,甲基化转移酶(Methyltransferase like 3,METTL3)作为最早发现也是最重要的甲基转移酶,它参与了RNA生命周期的所有阶段。其在m RNA前体剪接、3’端加工、核输出、翻译调节、衰减和mi RNA成熟中均发挥关键作用。因此,METTL3能够通过调控关键癌基因或抑癌基因m RNA中的m~6A修饰来影响肿瘤的形成。有趣的是,除了m RNA,众所周知的非编码RNA-环状RNA(简称circRNA,是一种共价连接的单链闭合环状RNA分子,没有3’端poly(A)尾和5’端帽子)上也具有广泛的m~6A修饰位点,而且circRNA与胶质瘤的发生发展密切相关。研究显示,METTL3可以促进m~6A-circRNA的形成,同时表现出与m RNA完全不同的m~6A修饰模式,但是METTL3介导的m~6A修饰调控circRNA及其下游靶标在胶质瘤发生发展中的作用机制仍然未知。本研究以“m~6A修饰调控circRNA”和“circRNA的RBP功能”作为切入点,提出了“甲基化转移酶METTL3介导的m~6A修饰调控circRNA/RBP途径促进胶质瘤发生发展”的科学假设。研究目标:基于课题组前期circRNA的m~6A测序以及转录组测序,联合生信分析、细胞(体外)实验、动物(体内)实验和临床水平研究验证“甲基化转移酶METTL3介导的m~6A修饰调控circRNA/RBP途径促进胶质瘤发生发展”的功能和机制假设,探索m~6A修饰在胶质瘤生物学起源及其恶性进展中的重要作用,丰富肿瘤学调控的互作网络。预计为胶质瘤的早期诊断、病理分级、靶向治疗和预后评估等打开新的视角,同时也为深入研究m~6A修饰调控非编码RNA在胶质瘤中发挥的关键作用提供一定的理论和实验依据。具体研究内容如下:研究方法:(1)基于临床GBM和正常非肿瘤脑组织样本,进行RNA甲基化测序(m~6A-Seq)和RNA转录组测序(circRNA-Seq),针对测序结果进行高级生物信息学分析。对m~6A相关兴趣circRNA进行免疫沉淀,RT-q PCR完成circRNA m~6A修饰水平和表达水平验证,筛选得到目标circRNA。(2)采用si RNA技术联合RT-q PCR验证完成RNA敲减,Ed U实验、流式细胞术及Transwell实验对METTL3以及筛选得到的目标circRNA进行胶质瘤细胞功能实验。慢病毒构建稳定转染的METTL3敲减细胞模型,裸鼠异种移植技术探讨METTL3在体内对胶质瘤生长的影响。(3)构建目标circRNA野生型和突变型质粒,Me RIP-q PCR(又称m~6A-q PCR)、RT-q PCR联合m~6A点突变探讨METTL3对circRNA的调控作用。Ed U实验通过Rescue进一步验证下游目标circRNA的促癌作用。CHIRP联合质谱分析确定目标circRNA结合蛋白,RIP实验反向确认二者的结合作用。circRNA成环实验验证其环状属性。RT-q PCR、WB及免疫组化检测裸鼠肿瘤组织目标基因及蛋白的表达水平。研究结果:(1)与NC组相比,来自GBM的circRNA中有1370个新的m~6A峰和1322个缺失的m~6A峰。在与m~6A峰变化相关的位点中,有1298个上调,1905个下调。m~6A修饰水平与circRNA表达呈正相关。生物信息学分析预测了m~6A修饰的circRNA的生物学功能和相应信号通路。此外,通过RT-q PCR验证结合临床数据挖掘,确定了3个兴趣分子(TNFRSF19、DLGAP5和NDC80),作为进一步研究m~6A修饰介导GBM发生发展的功能和机制的初步候选circRNA。(2)小干扰RNA瞬转和慢病毒稳转敲减RNA胶质瘤细胞模型构建成功。METTL3以及相关兴趣circRNA(circ-TNFRSF19和circ-NDC80)表达水平下调后,胶质瘤细胞的增殖、侵袭和迁移能力显著减弱,细胞凋亡增加。此外,与对照组相比,METTL3敲减后,裸鼠异种移植瘤在体内生长速度减慢,瘤体质量和体积均减小。(3)circ-TNFRSF19上存在广泛m~6A修饰位点且成环实验证实了其环形结构。METTL3敲减后,circ-TNFRSF19的甲基化水平和表达水平显著下调,m~6A序列点突变后这种调控效应失效。恢复实验结果显示METTL3敲减后导致的细胞增殖抑制可以通过过表达circ-TNFRSF19恢复。circ-TNFRSF19可结合多种核糖体蛋白,基于ORFfinder预测到其可能的两种翻译产物(氨基酸个数分别为148aa和74aa)。研究结论:(1)本研究的发现提供了人类GBM中circRNA的m~6A修饰的第一张图谱,并鉴定了与高甲基化和低甲基化修饰相关的差异表达circRNA转录物,揭示了异常m~6A修饰与癌症相关基因表达和功能之间的潜在关联,这对于进一步深入探讨RNA甲基化修饰调控circRNA表达及其功能具有重要的意义。(2)甲基化转移酶METTL3在体内和体外可显著促进胶质瘤的发生发展。针对测序筛选得到的高m~6A修饰水平和高表达水平的circ-TNFRSF19和circ-NDC80,它们也可以增强胶质瘤细胞的增殖、侵袭和迁移能力,同时抑制其凋亡,在促进肿瘤恶性进展方面发挥重要作用。(3)circ-TNFRSF19上存在广泛m~6A修饰位点,METTL3通过m~6A依赖的方式正向调控致癌circ-TNFRSF19的甲基化水平和转录水平并影响肿瘤驱动效应。此外,circ-TNFRSF19通过与核糖体蛋白结合,潜在翻译出数种多肽产物进而在胶质瘤的恶性进展中发挥作用。总之,这项研究强调了METTL3介导的m~6A修饰通过调控circ-TNFRSF19翻译途径,在胶质瘤的发生发展中起到促癌作用。不仅为深入理解m~6A修饰调控下的circRNA对胶质瘤影响的相关机制提供实验依据,也为胶质瘤的靶向治疗提供了新的思路。
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