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为了揭示轮状病毒在感染过程中宿主与其相互作用的相关基因,本研究使用实验室自主分离的轮状病毒CC0812-1毒株感染肠上皮细胞系HT29,病毒使用滴度1TCID50/cell,感染后12h提取HT29细胞总RNA用Illumina HiSeq 2500进行转录组测序。将其与未感染的HT29细胞转录组进行比较筛选得到473个差异表达基因,病毒感染的HT29细胞中418个基因表达量上调,55个基因表达量下调。通过KEGG分析,有82个差异表达基因注释到12条免疫相关的信号通路中,其中大部分差异表达基因广泛参与到病原相关分子模式识别、补体系统调节、细胞因子反应、细胞凋亡等抗病毒反应相关的信号传导途径中,为验证RNA-Seq技术开展病毒感染后转录组研究的可靠性,我们随机选取7个差异表达基因以qRT-PCR方法进行检验,结果显示这些基因的变化趋势与RNA-Seq具有一致性,证明RNA-Seq技术是筛选差异表达基因的一种可行方法。通过RNA-Seq筛选得到的473个差异表达基因为轮状病毒与宿主相互作用以及轮状病毒引起的固有免疫反应研究提供了潜在靶基因。本研究为探究轮状病毒上调IFN λ1 mRNA表达的机制,使用滴度为1TCID50/cell的轮状病毒CC0812-1株分别感染肠上皮细胞系HT29和HCT116,感染后6h、12h、24h提取细胞总RNA,通过qRT-PCR检测IFN λ1 mRNA的表达水平,结果显示轮状病毒引起的IFN λ1 mRNA表达上调具有时间依赖性,感染后6hIFN λ1 mRNA表达开始上调(HT29上调11.54倍,HCT1164.96倍),感染后12 h IFN λ1 mRNA上调表达最高(HT29上调82.56倍,HCT11643.41倍),感染后24 h IFN λ1 mRNA上调表达又有所降低(HT29上调66.76倍,HCT11622.83倍)。使用不同滴度(0.01 TCID50/cell、0.1 TCID50/cell、1TCID50/cell的轮状病毒CC0812-1株分别感染肠上皮细胞系HT29和HCT116,感染后12h提取细胞总RNA,通过qRT-PCR检测IFN λ1 mRNA的表达水平,结果显示轮状病毒引起的IFN λ1 mRNA上调表达具有病毒滴度依赖性,随着病毒感染滴度的增加,IFN λ1 mRNA上调表达水平亦逐渐增加,滴度为0.01 TCID50/cell病毒诱导HT29和HCT116细胞中IFN λ1 mRNA分别上调表达2.03倍和2.02倍,滴度为0.1 TCID50/cell病毒诱导HT29和HCT116细胞中IFN λ1 mRNA分别上调表达10.29倍和11.59倍,滴度为1 TCID50/cell病毒诱导HT29和HCT116细胞中IFN λ1 mRNA分别上调表达82.56倍和43.41倍。与此同时,选择滴度为1TCID50/cell的轮状病毒感染12 h后,qRT-PCR检测显示细胞内识别外源dsRNA的模式识别受体RIG-I与MDA5和几种重要的IRF(IRF1、 IRF3、IRF7、IRF9)均显著上调表达,感染的HT29细胞中RIG-I、MDA5、IRF1、 IRF3、IRF7、IRF9 mRNA分别上调表达5.3、5.67、4.96、1.72、3.61和1.50倍,感染的HCT116细胞中RIG-I、MDA5、IRF1、IRF3、IRF7、IRF9 mRNA分别上调表达2.35、2.20、2.32、1.49、2.52和1.64倍。通过RIG-I siRNA、MDA5 siRNA单独干扰的HCT116细胞、RIG-I siRNA和MDA5 siRNA同时干扰的HCT116细胞与正常组细胞感染病毒12h后相比其IFN λ1 mRNA表达依次为后者的0.37、0.73与0.27倍。结果表明干扰HCT116细胞内RIG-I与MDA5后轮状病毒感染诱导的IFN λ1 mRNA上调表达受到抑制,由此我们初步推断,宿主细胞主要通过RIG-I/MDA5识别轮状病毒感染,且激活下游信号通路引起IFN λ1表达。