随着经济全球化进程的加快，世界经济正在向知识经济为主导的模式转变，知识和技术对经济增长的贡献超过传统要素的贡献，成为经济持续增长的动力和源泉，经济和社会发展也比以往任何时期都更加依靠创新与科技进步，以至创新已经成为决定一个国家、一个地区、一个企业竞争优势的关键因素。党和政府在科学分析中国基本国情和战略需求的基础上，提出了自主创新命题。2006年党中央国务院做出了实施《国家中长期科学和技术发展规划纲要(2006-2020年)》和增强自主创新能力的决定，将自主创新提到了统领全局的国家战略高度，把提高自主创新能力作为提高国家竞争力的中心环节，把建设创新型国家作为中国面向未来的重大战略选择。然而，中国科技体制是在计划体制的基础上建立起来的，虽然经历了改革与发展，但仍受到原有计划体制的影响，条块分割、自上而下的刚性管理体制仍比较严重，导致创新主体间定位不清、缺乏活力，创新要素间联系松散和缺乏协同，科技、经济两张皮现象严重，企业创新动力不足、能力低下，大学及研究机构科技成果转化率低、新技术产业化困难，创新人才培养与社会需求脱节、质量不高，政府在创新中占据主导地，其有效参与能够促进创新资源的整合和效率的提高，但其过度参与导致的政府越位会对其他主体创新的积极性会产生抑制作用。因此，有必要进行更为宏观的政治性研究，加快促进创新主体焕发活力，同时实现各个创新功能要素有效整合的国家系统创新体系的建设。　　创新型国家建设是一项全局性、系统性工程，其建设不仅取决于不同主体自身的创新情况，更取决于主体之间，创新环节之间的配合衔接。因此，应摆脱孤立要素的简单考虑，注重系统各主体间、产业间、要素间相互关系的整体思考，通过整合国家创新力量，使各创新要素间联系更加紧密。本研究立足创新型国家建设整体最优的视角，概括性地提出全创新理论的概念，将国家目标、区域发展、产业动力、企业创新结合起来，提出并深入分析的由创新主体、创新产业和创新要素构成的全创新系统，对纷繁复杂的创新传导机制分类整理，系统分析国家创新多层次行为主体、多种类创新要素的相互关系及影响机制，明晰各主体要素的功能作用，梳理主体要素间的关系脉络与传导路径。针对当前非技术创新被忽视的问题，本文对其进行重点研究。总之，全创新理论是对创新系统发展理论更为宏观的归纳而提出的创新内涵，旨在促进不同创新主体、创新产业、创新要素，在创新网络的连接下实现技术创新与非技术创新的协同集成发展，优势互补、相互匹配，促进以企业主体，科研院校深度参与，风险分担、利益共享的产学研合作机制的形成，为产业结构升级、国家创新水平与核心竞争力提升提供持续动力。　　具体而言，本研究注重发挥统计学科的数据方法优势，整合国家数据、产业数据、地区数据、常规年报数据、创新调查数据和企业财务数据等多方面数据，构建全创新系统评价体系，利用面板数据模型、多层线性模型、三阶段递推CDM模型、Probit和广义Tobit模型、基于生产函数的Jordi模型及其扩展形式HJMP模型，对全创新系统的内部结构及其影响机制进行多方位实证研究。本研究通过对创新主体(企业、科研机构、教育机构、政府)，创新产业(高技术产业、文化产业、信息产业、金融产业)，以及创新要素(技术创新、非技术创新、创新资源、创新环境)的创新关联的理论分析，基于多种数据资源及现代计量模型，从现实角度描述、分析和解释中国创新型国家建设中的实际问题，为政府相关部门推进国家创新进程提供实务性思路。本具体结构如下:　　第一章:导论，指出本文研究背景和选题意义，介绍本文研究思路、主要方法和基础数据，解释说明本文的结构框架安排。　　第二章:创新理论综述，对国内外学界关于创新基础理论、创新系统理论、创新测度与实证的研究成果进行综述，旨在理清相关创新研究的发展脉络，为本文研究提供方向的指引与思路的借鉴。　　第三章:全创新理论及其系统功能统计测度。首先，从主体维度(企业、科研机构、教育机构、政府)、产业维度(高技术产业、文化产业、信息产业、金融产业)、要素维度(技术创新、非技术创新、创新资源、创新环境)三方面对全创新理论进行阐述;其次，对中国创新发展的时间序列数据进行描述统计分析;最后，基于全创新系统理论，设计全创新系统评价体系，为后文实证研究的深入做铺垫。　　第四章:国家全创新系统实证研究。本章主要从国际视角着眼，首先，基于全创新系统理论设计国家全创新系统评价体系，并利用瑞士洛桑国际管理学院的World Competitiveness Yearbook(IMD)的多维时序数据进行评价研究，进而，通过聚类分析，对不同国家的全创新系统发展模式进行分类阐释，并利用随机效应的Panel data模型进行实证研究。　　第五章:区域全创新系统实证研究。本章将研究视角转向国内区域层面，首先，基于全创新系统理论，设计区域全创新系统评价体系;进而对2001-2010年31省区市的区域全创新系统发展状况进行横向纵向分析，并将31省区市分为四种类型，进而利用较为前沿的多层线性模型(Hierarchical Linear Models)对区域全创新系统层级分化发展特征进行实证研究，并归纳出四种不同类型区域的全创新系统发展模式。　　第六章:企业全创新系统要素维度内部关系实证研究。由本章开始将研究视角转向企业层面，首先，详细介绍了本章的基础数据集，及为保证数据质量而做的大量数据清理工作;进而，构建企业全创新系统的三阶段七方程模型，并运用ALS(Asymptotic Least Square)估计方法，解决模型估计的内生性问题，通过引入Probit和广义Tobit模型，对全创新系统的核心要素维度进行系统研究;为进一步深入分析，本章将以上模型应用于不同工业行业，不同区域，不同所有制类型和不同规模的细分企业样本，发现中国企业全创新系统的深层规律性。　　第七章:基于创新调查的企业全创新系统实证研究。首先，利用2007年首次开展的以欧盟创新调查(CIS4)问卷为基础的全国工业企业创新调查中的海淀区企业样本，将创新调查数据与企业财务数据进行数据对接，实现了数据的延伸与扩展，形成覆盖企业创新与经营全方位的数据集合，为将全创新系统理论三大维度应用到企业层面创造了数据条件;其次，将第六章构建企业全创新系统的三阶段七方程模型，扩展到主体维度和产业维度，同时引入企业家影响因素，考察这一特殊的个人创新主体对企业全创新系统的影响;最后，借助创新实证分析的前沿方法——互补性(Complementarity)分析方法，对三大维度12要素的互补性进行了探讨，以深化对企业全创新系统关联机制的研究。　　第八章:企业全创新系统就业影响机制实证研究:创新的民生改善视角。本章主要研究企业全创新系统对于促进就业，改善民生的实际影响。首先，对研究就业和创新关系的Jordi模型，HJMP模型的进行改造和扩展，并基于中国工业企业数据进行实证分析;进而，对创新效应与出口效应对就业的影响进行分离，以区分出口与创新两大企业经营活动对就业影响的差异;最后，基于全创新系统理论框架，将创新的就业影响分解为十一种效应，并应用于不同工业行业，不同区域，不同所有制类型和不同规模企业，进行了深入地分析解读。　　第九章:中国全创新理论实证研究:结论、路径与展望。本章在总结了前文理论与实证研究的基础上，对不同层次全创新系统的能力提升路径提出针对性政策建议，最后，针对本文的不足与局限，展望未来进一步研究完善的方向。　　总体而言，本研究提出了适应中国发展情况，全方位描述创新系统运作的全创新理论，并在权威、详实和多来源高质量的数据支持下，运用前沿的统计方法和创新计量模型，对这一理论进行实证研究，对中国的国家全创新系统、国家内部的区域全创新系统、整体工业企业的全创新系统以及中小型高技术企业的全创新系统展开全面深入的剖析和比较，同时，对企业全创新系统的外部就业促进效应加以测度。实证结果发现，中国的全创新系统在世界多国比较框架下处于中等水平，需要在政府的加强指导下，发挥企业之外的创新主体的作用，同时，加强服务业对高技术产业创新的辐射，才能提升创新核心要素的能力，实现中国创新型国家建设进程的加速。而国内31省区市的全创新系统各具特色，可以归纳为四类不同发展模式的区域，呈现层级递进的发展模式升级。而企业层面，中国工业企业全创新系统的核心要素维度内部，良好的创新环境下，创新资源很好的支持企业的技术创新活动和非技术创新改革，从而实现企业劳动生产率的提升。而中小高新技术企业的全创新系统主体维度和产业维度，辅助要素维度，实现创新资源更高效的转化和劳动生产率的飞跃，同时，企业家的创新精神在企业全创新系统功能发挥的过程中起到关键作用。而企业全创新系统的外部就业促进作用显著，企业由于劳动生产率提升而带来的就业需求下降，会被创新活动所补偿，各种创新活动的开展和出口行为的深化，共同促进企业就业的增长。对于处于全球竞争和发展环境下的中国，必须依靠全创新系统功能的全面发挥来提升国际竞争力，那么，本文的研究结论，发现并归纳了这一系统目前的运作模式，对于这一系统功能的改进和发挥，提高中国的创新整体实力，实现创新型国家的目标，有积极的启示作用，对创新相关政策的制定更具借鉴意义。