随着我国进入经济社会快速发展的重要转型阶段，中国海关现代化改革进程面临着前所未有的挑战。其日益增长的业务量与现有管理资源不相适应，海关的相关制度、管理等基础性工作如何及时有效地适应不断调整的国家进出口贸易管理政策，以及全社会对海关依法行政、廉洁高效的新期待和新要求等种种问题和矛盾，都使得海关面临的执法风险、管理风险、廉政风险日益增长且将长期存在。海关必须进一步提升管理水平，加强和完善内控机制，构建具有海关特色的自我控制、自我约束机制，确保合法行使权力并有效履行职能。　　 组织结构是组织实现其目标的基本管理工具。内部控制建设是海关内部管理机制的创新和改革，需要一个相应的组织结构来保障其顺利推进和实施。本文以优化海关内部控制组织结构为研究内容，选取直属海关这一层级作为解决问题的切入点，综合运用归纳和比较、文献研究、案例分析等研究方法，先后梳理了对本文有指导意义的理论基础;对中国海关内部控制建设现状进行分析;对某直属海关内部控制实践进行分析，找出在组织结构构建方面存在的不足;提出优化内部控制组织结构的思路，在考虑组织设计的原则、影响因素后，得出具体的组织设计方案及保障运行机制;最后形成结论，即直属海关内部控制机制建设应当优化其组织结构，以强化内控执行力，从制定发展战略和政策的决策层，到负责职能管理、监督管理的运行管理层，再到负责现场业务操作的执行层，同样重要的，还有对内部控制理论与实践进行研究分析的智囊机构，所有这些组织都应有明确的职责分工和报告路线。