背景和目的肝细胞癌发病率位居前列。肝癌系统治疗中,免疫治疗应用广泛。然而,由于肝癌免疫微环境的高度异质性,相似临床特征表现的患者的预后结局往往不尽相同,免疫治疗疗效也往往大相径庭。因此,本文主要目的是在肿瘤浸润淋巴细胞（tumor infiltration lymphocytes,TILs）的基础上构建肝细胞癌免疫相关预后评分（Immune related prognosis score,IRPS）,以更好地指导临床治疗决策,并通过多组学分析从基因组学、转录组学、蛋白组学揭示与IRPS相关的因素及其内在联系,以探索影响肝癌免疫微环境的关键因素。方法第一章通过ssGSEA算法在3个肝癌队列（GSE20140、GSE76427、TCGA-LIHC）中计算每个样本的28种免疫细胞浸润水平,并先后通过单因素Cox回归分析、Meta分析筛选了 5种可作为独立预后因素的免疫细胞。接着,以这5种免疫细胞浸润水平构建了 IRPS,并进一步探索了 IRPS与患者生存预后、免疫治疗疗效、肿瘤微环境的关系。第二章通过多组学联合分析的方法揭示高IRPS组与低IRPS组在基因层面、转录层面、蛋白质层面的差异,并分析多组学差异之间的关联,构建了各组学联合调控网络。结果IRPS与患者总体生存率、无病生存率相关。IRPS与免疫检查点抑制剂响应率相关,可作为预测免疫治疗疗效的生物标志物,与PD-L1这一指标联用时,可有效筛选PD-L1低表达或不表达人群中免疫治疗获益者。最后,IRPS可有效区分肿瘤微环境“冷”、“热”类型,并在通过ESTIMATE、CIBERSORT、MCPCounter这3种算法所得肿瘤微环境结果中得到验证。基因组学层面,发现了高IRPS组与低IRPS组之间存在不同的突变特征。共筛选12个差异突变基因,分别是ZNF638、HRNR、ITPR3、SEMA3E、TDRD5、ZNF208、ZNF91、C1orf94、TTN、ANK1、ABCB5、LAMA5。转录组学层面,富集分析发现高IRPS组在机体免疫系统反应等通路显著上调,包括抗原结合、免疫系统激活、适应性免疫反应、B细胞介导免疫、B细胞受体信号通路等,而在NRAS信号、细胞周期RB1、GNF2 MKI67、GNF2 TTK、GNF2 CENPE、GNF2 RRM2等基因集中显著下调。免疫逃逸机制分析发现IRPS与隐藏抗原机制、抵抗自身凋亡机制、促进免疫衰竭机制相关。蛋白组学层面,主要发现高IRPS组PDL1蛋白质表达量比低IRPS组显著增多。从蛋白质水平印证了 IRPS与促进免疫衰竭机制相关。多组学联合分析发现 lncRNA（ITGB2-AS1、PCED1B-AS1、RP5-1171I10.5、RP5-1028K7.2、RP11-325F22.2、AC006129.2）可能通过调控 mRNA（PSTPIP1、S1PR4、CD6、PTPN7、SNX20、CD2、LCK、SASH3、SELPLG、GPSM3）来影响活化B细胞、活化CD8+T细胞、效应记忆型CD8+T细胞、Th1细胞的浸润水平。结论IRPS可作为有效预测患者预后及免疫疗效的指标,并且可有效区分“冷”、“热”肿瘤微环境。基于多组学差异构建的TILs-mRNA-lncRNA共调控网络,对了解肿瘤免疫微环境的变化提供了从局部到整体的全新思路。