APOD基因5’端侧翼区多态性对鸡的经济性状的影响

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APOD在胚胎和成体的生长、发育和分化,维护机体脂质稳态平衡发挥重要作用。APOD是鸟类类胡萝卜素着色的候选基因。本研究的主要目的是通过对APOD基因进行生物信息学分析,初步了解APOD基因结构、功能,PCR测序筛选鸡APOD基因5’端侧翼区Indel和SNPs,分析多态性对鸡经济性状的影响,观察APOD基因在鸡组织中的表达规律,体外实验研究APOD的功能,阐明APOD基因5’端侧翼区的多态性对鸡的经济性状的影响。结果如下:生物信息学分析表明APOD编码249个氨基酸,构建APOD系统进化树表明鸡APOD与其他物种属于同一基因家族,蛋白预测的结果表明APOD蛋白复杂度较低,从互作蛋白推测APOD在发育、干细胞分化等方面起重要作用。APOD基因5’端侧翼区筛选出4个SNP和1个Indel,与杏花鸡隐性白全同胞F2资源群的屠体、生长、肉质性状都有关联。定量结果显示,APOD在成年鸡的组织中广泛表达。g.-340_-342,-344indel与杏花鸡隐性白全同胞F2资源群的皮肤颜色显著相关(P<0.05),与麻黄鸡群体的胸部肤色显著相关(P<0.05),APOD在不同时期皮肤中均有表达,胚龄18天时在皮肤中的表达处于最高水平,成年鸡中表达量最低。说明该基因可能与鸡的皮肤色有关系。构建APOD基因的g.-340_-342,-344indel位点Ⅱ型和DD型的双荧光报告载体,转染至DF-1细胞中,Ⅱ型转录活性显著高于DD型。转录因子预测发现Ⅱ型比DD型多了转录因子NEF2和MITF,可能是Ⅱ型转录活性高的原因。g.-340_-342,-344indel与皮下脂肪厚显著相关(P<0.05)。SNP位点g.-447C>T与脂肪带宽显著相关(P<0.05)。构建APOD的过表达载体,转染脂肪细胞系中,甘油三酯含量降低。说明该基因可能对鸡的脂肪代谢有作用。综上,APOD基因影响着鸡的经济性状,且可能与鸡的皮肤色以及脂肪代谢有关。
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