脑膜炎奈瑟菌（Neisseria meningitidis,Nm）通常呈无症状携带状态,健康人群携带率为10%～20%,引起的侵袭性疾病包括流行性脑脊髓膜炎（流脑）和菌血症。流脑在中国为法定报告传染病,是Ⅰ类疫苗覆盖的疾病,病死率高达10%～15%。荚膜多糖（Capsule Polysaccharide,CPS）是Nm重要的毒力因子、疫苗的主要成分,根据CPS结构可将Nm分为12个血清群。种群变异包括表型变异和遗传变异,多位点序列分型（Multilocus sequence typing,MLST）是常用的Nm分子分型方法,可用于鉴定菌株之间的遗传关系。不同国家（地区）流行血清群具有明显的地域性特征,Nm主要流行的血清群与克隆群（clonalcomplex,CC）之间存在一定的对应关系,相同血清群具有不同的克隆群特征,相同克隆群又具有不同的血清群特征。已有的阶段性研究表明中国菌株具有独特的流行特征和菌群更替模式,近年来新型别Nm的出现和流行成为Nm防控的潜在挑战,亟需全面了解中国菌株的整体流行及变异情况,为应对新的流行形势、制定相应防控策略奠定基础。目前已知Nm荚膜合成及细胞表面转运过程中涉及的基因位于cps基因簇,已有研究对国外菌株中cps基因组成进行分析,但尚不清楚中国菌株中cps的基因组成及遗传特征。除CPS外,自转运蛋白也是Nm的毒力因子之一,目前已发现8种自转运蛋白,他们对Nm的毒力及黏附定植方面的作用及其复杂的相互作用在国外已有研究,但是对中国菌株的研究仍处于空白状态。本研究对过去60年1641株中国Nm菌株的MLST分型进行分析,发现中国A群菌株遗传进化保守,主要流行克隆群为CC1和CC5。B、C群序列型（sequencetype,ST）呈多样性,主要流行克隆群为CC4821,W群主要为CC11和CC4821。CC4821中C群菌株主要为ST-4821,B群主要为其他ST型,ST-8491均为W群。Y群主要为CC175。E群主要为UA菌株中的subCC5586。其他血清群菌株较少,未能发现明显聚集性。不可分群菌株（nongroupable,NG）中,首次发现1株ST-7的基因A群（genogroup A）菌株。已有研究中荚膜基因缺失（capsule null locus,cnl）菌株全部为CC198,但本研究中发现2株CC4821和2株UA菌株,表明cnl菌株不全是CC198。发现2株血清与基因均不可分群菌株（nongenogroupable,NGG）。对中国各血清群菌株cps的遗传特征进行分析,发现cps基因簇6个分区除已知的“D-A-C-E-D’-B”排布方式之外,存在新的排布方式,为“B-D-A-C-E-D’”。对基因A群NG菌株cps的分析发现其形成机制可能为csaB基因碱基缺失导致密码子改变,影响荚膜表达。发现W群菌株中存在完整的cssF基因。NGG菌株的cps中发现除A区、C区基因缺失外tex基因也缺失的NG菌株基因组成形式。对8种自转运蛋白编码基因在中国菌株中的分布情况进行分析。发现188株菌株均携带app、iga、nhha和autA基因,112株携带autB基因,179株携带nalP基因,158株携带ausⅠ基因,仅20株携带nadA基因。CC4821菌株中autB基因缺失表明并非所有高致病性菌株都携带autB基因。nalP基因可能由同源重组获得,缺失菌株可能是由于间隔区可移动重复元件的存在导致。AusI phase on菌株中未发现提前出现终止密码子的现象。我国主要流行的CC4821中未发现nadA基因,NadA不适合作为中国B群疫苗的主要成分。app基因转录为氨基酸序列时未发生提前终止,据此推测其功能对Nm是必须的。iga基因具有非常高的序列多样性,6株CC11菌株的iga氨基酸序列与国外研究具有不同的特征。CC1、CC5和CC198中nhhA基因序列相对保守,UA菌株变异性较大。autA基因的表达受到明显的选择压力。综上,本课题对中国Nm菌株的MLST分型进行研究,发现了一些新型别菌株,为了解中国菌株的种群变异提供了重要的参考数据;分析了中国Nm菌株cps遗传特征,为研究Nm的血清群变化规律提供了遗传学依据;首次对中国菌株中自转运蛋白编码基因的分布情况进行分析,为后续的功能及机制研究奠定了基础。