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本试验以新疆野苹果单株系组培苗为材料,研究-3℃模拟冻害胁迫0 h、3 h、6 h、12 h、24 h对新疆野苹果幼苗表型、电导率（REC）、丙二醛（MDA）含量、叶绿素（Chl）含量、光系统II（PS II）的最大量子产量（Fv/Fm）和性能指数（PIabs）的影响。并通过转录组和蛋白质组多组学技术,分析光合特性相关差异表达基因和蛋白质,为新疆野苹果幼苗应答冻害下的光合特性研究奠定基础。主要研究结果如下:1、新疆野苹果幼苗在-3℃模拟冻害条件下,叶片处理12 h时开始卷缩。与CK相比,处理24h叶绿素含量均显著下降,叶绿素a/b显著上升;0 h、3 h、6 h、12 h、24 h等不同处理下MDA含量、REC值显著上升、Fv/Fm与PIabs值显著下降。2、通过转录组测序,检测到差异表达基因总数有13320个,与CK相比,经过0 h、3 h、6 h、12 h处理的差异表达基因数分别有4280个、6213个、7003个、11103个,其中共有差异基因数有2256个,在0 h-12 h处理过程中,差异表达基因数逐渐增多。共有差异表达基因通过GO富集分析发现,前20个GO Term中与光合色素及光合作用相关的占11条。光合色素相关差异表达基因有103个,比较组共有差异表达基因有28个,其中与叶绿体氧化烯还原酶相关的3个基因呈下调表达,其余与玉米黄质环氧化酶、脱植基叶绿素a加氧酶、15-顺式八氢番茄红素合酶、捕光色素蛋白质、叶绿素b还原酶乙烯基还原酶等相关的25个基因呈上调表达。筛选到58个参与光合调控的差异表达基因,响应光系统II的差异表达基因有18个,响应光系统I的差异表达基因有12个,光合电子传递链相关差异表达基因有13个,ATP合成酶相关差异表达基因有3个,细胞色素b6f相关差异表达基因有12个。其中Psb Q（Msi＿13A005910）与Psb Y（BGI＿novel＿G011171）基因在冻害胁迫中极显著上调表达。通过对7个光合作用相关表达量较高的差异基因进行q RT-PCR验证,发现这些基因表达水平与转录组测序结果趋势相同,说明这7个光合特性相关基因响应冻害胁迫过程。3、通过蛋白质组测序数据发现,定量蛋白质数总共有8502个,四个比较蛋白质组数据中有差异表达蛋白质数共有251个,与CK相比,在0 h、3 h、6 h、12 h处理状态下的差异表达蛋白质数分别有75个、109个、108个、68个,比较蛋白质组的共有差异表达蛋白质数共有12个。通过富集分析发现差异表达蛋白质主要参与类黄酮代谢、糖代谢、光合作用等代谢途径。其中与光合作用相关的差异表达蛋白质有4个:Msi＿15B021960（Pet H）、Msi＿15B000520（Pet E）、Msi＿15B039440（Psa N）、Msi＿10A022940（Psa K）,叶绿素合成相关差异表达蛋白质有1个Msi＿03A014670（CHl D,BCHD）。通过转录组与蛋白质组关联分析发现,有7935个基因在转录与翻译水平上均有表达,两者pearson相关系数平均值为0.031。定量关联的基因进行富集分析发现,定量关联基因主要参与酪氨酸衍生物合成及代谢、托烷的代谢、哌啶生物碱合成和吡啶生物碱生物代谢合成、α-亚麻酸代谢、苯丙氨酸衍生物合成及其代谢、异氮喹啉生物碱及其生物合成代谢等途径。通过聚类分析定量关联基因被分为六大类,表明转录组与蛋白质组之间有六种可能性关系。与光合作用相关的14个定量基因在转录与蛋白水平均有表达,仅1个基因（Msi＿15B039440,Psa N）在转录与蛋白水平均呈差异表达,与叶绿素合成相关的21个基因在转录与蛋白水平均有表达,但无差异表达基因。