介导替加环素耐药的新型RND家族外排泵TmexCD-ToprJ在CRKP中传播流行的分子机制

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目的:碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌(Carbapenem-Resistant Klebsiella pneumoniae,CRKP)耐药谱广,引发感染死亡率高,给临床抗感染治疗带来了严重威胁,替加环素是为数不多的应对CRKP感染有效的药物。然而,最近报道的可介导替加环素耐药的新型RND家族外排泵Tmex CD1-Topr J1在CRKP中的出现,将加剧菌株耐药性,使其引发的感染面临无药可用的尴尬境地。本研究旨在探究2019年郑州大学某教学医院CRKP分离株替加环素耐药的基础上,揭示TmexCD-toprJ基因簇在CRKP中的流行特征及分子传播机制,为控制其进一步播散奠定理论基础。方法:1.对分离自郑州大学某教学三甲医院的991株CRKP分离株的替加环素耐药情况进行分析,筛选替加环素不敏感CRKP株,并检测替加环素不敏感株中TmexCD-toprJ基因簇的携带情况。2.在分析TmexCD-toprJ阳性株耐药谱及临床分布特征的基础上,基于全基因组测序、分子进化树构建等方法进一步分析阳性株携带TmexCD-toprJ变体类型、耐药组、毒力组及ST型分布等基因型特征。3.通过质粒接合转移实验、质粒及基因簇遗传背景的比较分析、环状中间体检测等方式揭示TmexCD-toprJ基因簇水平转移的分子传播机制。结果:1.替加环素不敏感株(MIC≥4 ug/m L)在郑州大学某教学医院2019年分离的CRKP中占比为5.95%(59/991),其中,TmexCD-toprJ阳性株分离率为3.39%(2/59)。2.根据课题组前期的监测及对该院2020年CRE的持续追踪,本研究共检出7株tmex CD-trop J阳性株,包括5株CRKP,1株碳青霉烯类抗生素敏感肺炎克雷伯菌和1株同属于肠杆菌科细菌的雷氏普罗威登斯菌。7株阳性株中,p KP18-29及p KP19-2796-1携带1型TmexCD-toprJ基因簇,p KP18-2110-2-1、p KP19-3023、p KP19-3088携带2型TmexCD-toprJ基因簇,Pre20-95携带3型TmexCD-toprJ基因簇。而通过氨基酸序列比对及构建Tmex D分子进化树,我们在KP20-558中发现tmex D2.3新亚型。此外,所有TmexCD-toprJ阳性株均为多药耐药菌,对四环素类、β-内酰胺类、头孢菌素类等抗生素高度耐药,携带如氨基糖苷类、大环内酯类等抗生素抗性基因。3.TmexCD-toprJ基因簇在本研究阳性株中的传播机制主要为:IS26元件形成34,272 bp环状中间体介导p KP19-2796-1中tmex CD1-topr J1基因簇的转移;以“tnfx B-tmex C2-tmex D2-trop J2-hp1-hp2-int1-int2”假定转座单元插入Inc HI5-like型质粒携带的umuc基因中;tmex CD2-topr J2-like基因簇及bla KPC-2共质粒的Inc FII型质粒以接合转移方式转移至肺炎克雷伯菌及大肠杆菌受体菌中,并导致受体菌对替加环素及美罗培南不敏感;雷氏普罗威登斯菌阳性株Pre20-95染色体上的SXT/R391 ICE元件参与介导tnfx B3-tmex CD3-topr J1b基因簇转移。结论:本研究首次发现TmexCD-toprJ基因簇与bla KPC-2、bla NDM-1等碳青酶烯类抗生素抗性基因共定位于Inc HI5-Like及Inc FII质粒;在ST987型CRKP分离株中发现tmex D2.3新亚型;此外,首次在雷氏普罗威登斯菌检出该类基因簇。以上结果均表明TmexCD-toprJ基因簇在肠杆菌科细菌中发生了进一步的传播及进化。借助接合型质粒及肠杆菌科细菌丰富的可移动元件如ICE及IS26等,我们推测TmexCD-toprJ基因簇将发生进一步传播,因此需加强对该类基因簇流行和传播的监控,控制其进一步播散。
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