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西瓜噬酸菌(Acidovoraxcitrulli)、水稻细菌性条斑病菌(Xanthomonasoryzaepv.oryzicola,Xooc)和水稻白叶枯病菌(Xanthomonasoryzaepv.oryzae，Xoo)均为我国重要的检疫性种传细菌病害。目前，西瓜噬酸菌已对我国的瓜类生产及相关产业构成了极大的威胁，而稻黄单胞菌也对粮食生产带来了不利的影响。鉴于此，建立简便、快捷、高效的检测技术是防治这三种病害传播扩散的有效措施。 本实验采用了Taqman荧光定量PCR和环介导等温扩增技术(LAMP)两种检测方法，针对这三种病原物分别设计了特异的探针和引物，并对其纯培养物和实地样品进行了特异性、灵敏度、实地样品等方面的检测，同时对比评价了这两种检测手段。结果表明:在A.citrulli的检测中，LAMP技术和荧光定量PCR方法均可有效的区分开Acidovoraxavenae(燕麦褐条病菌)、Acidovoraxfacilis(敏捷噬酸菌)、Acidovoraxkonjaci(魔芋噬酸菌)及Acidovoraxcattleyae(卡特莱兰褐斑病菌)等亲缘近种，且检测到的种子带菌率为0.1％(1/1000)，另外，可从13种新疆市售种子中检出6份种子携带A.citrulli。在水稻细菌性条斑病菌和白叶枯病菌的检测中，探针Xooc-Probe及Xoo-Probe均有效的区分开了白叶枯病菌和条斑病菌，LAMP技术同样实现了特异性扩增，对健康水稻种子和发病区的种子进行检测，条斑病菌的两种检测方法均可从2份市售种子中检出2份种子携带条斑病菌，从2份自然发病种子中检出1份种子带菌，从7份发病区接种白叶枯病菌获得的种子中检测到0份种子带菌。白叶枯病菌的两种检测手段可从2份市售种子检出0份种子携带白叶枯病菌，从2份自然发病种子中检出1份种子带菌，从7份发病区接种白叶枯病菌获得的种子中检测到4份种子带菌。对于Taqman荧光定量来说，三种病原菌最终检测限度均为2.0×101cps/μL，而LAMP的检测最低限均为2.0×102cps/μL，显然荧光定量的检测灵敏度比LAMP高10拷贝数。另外在本实验中，荧光定量的检测时长为2h，环介导等温扩增技术的检测时长为40min～60min，在特异性相同、实地样品检测结果一致的情况下，综合考虑检测周期、检测成本和应用性等特点，环介导等温扩增技术更适合植物病原物的检测，亦更适于基层检疫机构的推广应用。