清廷在平定准噶尔汗国叛乱之际,本着“因俗而治”的思想令大和卓管理回部事务,最终,两和卓的叛乱打破了清廷治理回疆的初衷。乾隆二十四年(1759),清廷平定两和卓之乱,为了实现回部的长期稳定局面,清廷在平定大小和卓叛乱后,即着手搜寻和卓子嗣,并明确了“罪不及妻孥”的思想,将访查到的和卓后裔解京安置。随着大小和卓的被擒杀,滞留南疆及巴达克山的和卓家眷也被解往京师,然而百密一疏的是,大和卓之妻所生之萨木萨克成功外逃,为后来南疆一系列动乱埋下隐患。由于大和卓有两同名之妻妾爱什阿哈察,二者所生之子均为萨木萨克,这一状况蒙蔽了清廷,致使清廷在搜寻和卓后裔时有所疏漏。清廷察觉这一状况时,萨木萨克早已远飏境外,而这一次清廷同样希望能将其招降,并不断遣人秘密访查其下落,但一直收效甚微。乾隆四十九年(1784年),成年的萨木萨克再次活跃,并与境内和卓信徒频繁的联络。清廷一直希望萨木萨克能主动前来归降,直到“寄信敛钱”案发生后,乾隆帝才明白萨木萨克并无心投降清廷,遂转而采取剿抚并用的政策处理萨木萨克。但此时萨木萨克已然成年,身边已集结了一定的势力,清廷的招降工作一波三折,因而终乾隆一朝,萨木萨克问题始终悬而未决。嘉庆帝亲政之初,萨木萨克一度派人投其表文,欲来归降,而此时清廷却采取了不当的处理措施,以至于丧失招降萨木萨克的最后时机。此后,嘉庆帝甚至否认萨木萨克的存在,伊犁将军松筠为了迎合嘉庆帝,不惜炮制玉努斯冤案否认萨木萨克的存在,对此后清廷的决策、布局造成了消极的影响。此后,清廷中止了乾隆朝以来对萨木萨克及其后裔的积极防范政策。以玉努斯案为转折点,清廷对萨木萨克问题越发保守,使得境外的和卓后裔得以无所顾惮地积蓄势力,到嘉庆末期开始,和卓后裔叛乱之潮便呈现出一波未平一波又起之势。