MALAT1和microRNA-328-3p基因多态性与肺癌易感性的关系及调控靶基因YWHAZ的机制研究

来源 :中国医科大学 | 被引量 : 1次 | 上传用户:xhb74
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目的:肺癌是导致人类死亡的一个重要因素。2020年全球肺癌新发病例数220.7万人,占比11.4%,死亡病例数179.6万人,占比18.0%,分别占全世界范围内癌症发病率的第2位和死亡率的第1位。中国国家癌症中心发布的数据显示,全国新发恶性肿瘤病例数约为392.9万例,其中肺癌病例约为78.7万例,因肺癌死亡人数约为63.1万例,位居我国恶性肿瘤死亡首位,严重影响了居民的寿命,消耗了大量公共卫生资源。预计到2025年,我国每年新增的肺癌病死例数将超过100万。吸烟是肺癌的重要致病因素,大部分的肺癌与吸烟有关,长期吸烟者患肺癌的风险是不吸烟者的10~30倍。但仍有相当部分的肺癌发病不是由吸烟造成的,表明吸烟致肺癌患者和不吸烟的肺癌患者可能在致病机制上存在差异,在临床上应予以区分。研究表明,遗传因素在肺癌的发生过程中起着至关重要的作用。关于肺癌的分子机制非常复杂,目前尚不明确。非编码RNA是不编码蛋白的RNA,具有组织表达特异性,在细胞病理、生理过程中发挥着不可替代的重要作用。根据转录本的长度,非编码RNA又被分为长度小于200核苷酸的短链非编码RNA,如小干扰RNA(Small interfering RNA,si RNA),微小RNA(microRNA,mi RNA)和长度大于200核苷酸的长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)。研究证实,lncRNA在细胞中的差异表达与肿瘤的进展有着密切的关系,在不同的细胞环境下发挥原癌基因或抑癌基因的作用,进而促进或抑制肿瘤细胞的增殖、侵袭或转移的全过程。mi RNA指长度约为19~25个核苷酸的非编码RNA,其生物学功能在进化过程中具有一定保守性。通过与信使RNA 3’非翻译区(3’-untranslated regions,3’-UTR)靶向结合,进而影响基因的表达。特定的mi RNA在一些特定的组织中高度富集而在其他组织中低表达甚至不表达,进而调节细胞的生理活动,包括细胞增殖、细胞凋亡等。单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism,SNP)是指由单个核苷酸的改变而引起的DNA序列的改变,当lncRNA或mi RNA上的SNP发生在基因编码区或基因的调节区域时,对基因表达产生影响,从而影响基因功能。竞争内源性RNA(competing endogenous RNA,ce RNA)是指RNA之间可以通过竞争结合共同的mi RNA反应元件(microRNA response element,MRE)实现相互调节,从而影响mi RNA调控下游靶基因过程。ce RNA包括蛋白编码RNA和非编码RNA,非编码RNA包括lncRNA、环状RNA(circular RNA,circ RNA)等。科学研究表明,lncRNA MALAT1在肺癌中发挥原癌基因的作用,可以促进肺癌的发生发展,但MALAT1上SNP位点多态性与肺癌的关系仍不明确。mi R-328-3p在肺癌中发挥抑癌基因的作用,但mi R-328-3p上的SNP位点多态性与肺癌易感性的关系尚未见报道。本研究探讨MALAT1和mi R-328-3p基因多态性与肺癌易感性的关系,预测MALAT1和mi R-328-3p的靶向结合以及YWHAZ是mi R-328-3p调控的下游靶基因,并验证MALAT1、mi R-328-3p及其靶基因YWHAZ在肺癌发生过程中的竞争性内源RNA机制。研究方法:第一部分:采用病例对照研究,分析MALAT1序列上rs619586和rs3200401位点的SNP与肺癌易感性的联系。其中,肺癌病例444名,健康对照460名。病例来自中国医科大学附属第四医院、中国人民解放军北部战区总医院和中国医科大学附属第一医院等三级甲等医院,治疗前采集患者静脉血5 ml。对照组来自同一时期医院体检中心的体检人群。使用经典酚-氯仿法提取静脉血中基因组DNA,Taqman探针法进行SNP分型。两组间的分布差异采用Student-t检验和卡方检验。采用Logistic回归模型分析不同SNP位点的基因型与肺癌发病风险之间的关系。采用叉生分析的方法探讨SNP与吸烟危险因素之间的相互作用。本研究经过中国医科大学医学伦理委员会批准。第二部分:探讨mi R-328-3p序列上rs12923138位点的SNP与肺癌易感性的联系。采用以医院为基础的病例对照研究,包括442名肺癌病例和502名对照。病例来自中国医科大学附属第四医院、中国人民解放军北部战区总医院和中国医科大学附属第一医院等三级甲等医院,治疗前采集患者静脉血5 ml。对照组选自同一时期医院体检中心的体检人群。Taqman探针法进行SNP分型。两组间连续变量和分类变量的比较分别采用Student-t检验和卡方检验。采用Logistic回归模型分析不同SNP位点的基因型与肺癌发病风险之间的关系。采用叉生分析的方法探讨SNP与吸烟危险因素之间的相互作用。本研究经过中国医科大学医学伦理委员会批准。第三部分:首先,挖掘TCGA数据库中肺癌相关数据,分析MALAT1、mi R-328-3p和YWHAZ在肺癌中的表达情况及预后相关性。利用生物学信息网站Targetscan、mi RWalk、mi RDB进行mi R-328-3p的靶基因的筛选和验证。绘制MALAT1、mi R-328-3p和YWHAZ蛋白互作网络图。其次,研究MALAT1和mi R-328-3p在肺癌细胞系中的生物功能。利用实时定量PCR(quantitative real-time PCR,q RT-PCR)检测细胞系A549、H1299、SK-MES-1和BEAS-2B中MALAT1、mi R-328-3P和YWHAZ本底表达情况。构建MALAT1的小干扰RNA,转染mi R-328-3p mimics、inhibitor及NC质粒,分析MALAT1和mi R-328-3p对靶基因YWHAZ蛋白表达水平的影响。利用Transwell实验检测MALAT1和mi R-328-3p对肺癌细胞迁移和侵袭能力的影响。利用MTS法分析MALAT1和mi R-328-3p对细胞增殖的影响。利用流式细胞技术研究MALAT1和mi R-328-3p对细胞凋亡的影响。利用双荧光素酶报告基因验证MALAT1和mi R-328-3p的靶向结合关系。结果:第一部分:MALAT1 rs619586和rs3200401多态性与肺癌发病风险不存在显著关联。rs3200401的多态性位点与非小细胞肺癌易感性有关,rs3200401 CT基因型携带者可以降低非小细胞肺癌的发病风险。在肺腺癌和肺鳞状细胞癌的病理亚型中,rs3200401的多态性位点与肺鳞癌的发病风险显著相关,与肺腺癌的关联无统计学意义。基因与吸烟暴露之间的交互作用的相加模型和相乘模型的结果表明,rs619586和rs3200401位点基因多态性与吸烟暴露的相互作用与肺癌发病风险无显著的统计学关联。第二部分:mi R-328-3p的rs12923138多态性与肺癌发病风险不存在显著关联。分层分析结果显示,rs12923138多态性位点与肺腺癌和肺鳞癌的发病均无统计学意义的关联。基因与吸烟暴露之间的交互作用结果显示,rs12923138 AC+CC基因型与吸烟暴露之间存在相乘的交互作用,具有统计学意义。第三部分:根据TCGA来源的数据表明,MALAT1在肺腺癌组织中表达上调。mi R-328-3p在肺腺癌和肺鳞癌组织中表达下调。YWHAZ在肺腺癌和肺鳞癌组织中表达显著升高,YWHAZ差异表达在I和II期肺鳞癌患者中的预后有统计学相关性。信息学网站预测YWHAZ为mi R-328-3p下游靶基因。蛋白互作网络图显示,MALAT1通过RPS9、PIKFYVE与mi R-328-3p和YWHAZ存在互作关系。q RT-PCR检测显示,MALAT1在肺癌细胞H1299中呈现高表达,mi R-328-3p在肺癌细胞系中呈现低表达。细胞增殖、细胞迁移和细胞凋亡等细胞功能学实验结果显示,低表达MALAT1可以抑制肺癌细胞的增殖和迁移能力,上调mi R-328-3p表达可明显抑制肺癌细胞H1299和SK-MES-1增殖及迁移,促进癌细胞凋亡。q RT-PCR及Western Blot实验结果显示,YWHAZ在肺癌细胞H1299和SK-MES-1中呈高表达,YWHAZ的蛋白表达水平与MALAT1的表达呈正相关,与mi R-328-3p的表达呈负相关。结论:1.MALAT1 rs619586和rs3200401位点多态性与肺癌的发病风险无统计学关联。MALAT1 rs3200401多态性与肺鳞癌的易感性有统计学意义关联。2.mi R-328-3p的rs12923138多态性与肺癌的发病风险的关联不具有统计学意义。rs12923138 AC+CC基因型与吸烟暴露之间存在相乘的相互作用,具有统计学意义。3.TCGA数据库中,MALAT1在肺腺癌组织中表达上调,mi R-328-3P在肺腺癌和肺鳞癌组织中表达下调,YWHAZ在肺腺癌和肺鳞癌组织中表达显著升高。4.YWHAZ差异表达在I和II期肺鳞癌患者中的预后有统计学相关性。5.MALAT1可以抑制肺癌细胞的增殖和迁移能力。mi R-328-3p可抑制肺癌细胞增殖及迁移,促进细胞凋亡。6.YWHAZ是mi R-328-3p下游调控靶基因,YWHAZ的蛋白表达水平与MALAT1表达呈正相关,与mi R-328-3p表达呈负相关。MALAT1、mi R-328-3p和YWHAZ存在竞争性内源RNA机制。
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