哺乳动物中,Ⅱ型干扰素(Type II Interferon)是机体免疫细胞受到干扰素诱生剂刺激后所产生的一类糖蛋白,在抵抗胞内细菌感染和病毒的过程中发挥着重要的作用。目前自然界中共发现两种Ⅱ型干扰素——IFN-γ和IFN-γrel,其中IFN-γrel为鱼类所特有。鱼类IFN-γ与低等脊椎动物IFN-γ的同源性较高,对其进化历史的研究较为完整。然而,关于IFN-γrel的起源、在鱼类进化过程中的地位和分歧变化、与受体之间的协同进化关系、与IFN-γ进化历史的分析比较等问题尚未弄清。因此,本论文将围绕上述问题全面探讨鱼类Ⅱ型干扰素及其受体的进化。首先,本文通过对鱼类现有的基因组数据进行全面的分析考察,补充并完善了硬骨鱼纲中的Ⅱ型干扰素及其受体的基因信息。如在亚洲龙鱼(Scleropages formosus)基因组中发现了IFN-γrel,这是首次在最原始的真骨鱼(teleostei)中找到IFN-γrel基因存在的证据。其次,本文使用最大似然法和贝叶斯法对进化节点鱼类Ⅱ型干扰素及其受体进行系统发生重建,结果表明IFN-γrel的进化历史在真骨鱼进化早期和晚期有着显著的不同,与IFN-γ的关系也随着鱼类的进化而发生变化。接着,本文采用整体拟合法(Global-fit method)和基于事件法(Event-based meothod)对鱼类Ⅱ型干扰素配体与受体进行协同系统发生分析,结果发现以骨鳔鱼(Ostariophysi)为分界线,IFN-γR2与Ⅱ型干扰素配体之间存在不同的协同进化关系。论文对由于全基因组复制(Whole Genome Duplication,WGD)导致的部分鱼类中存在多个配体与多个受体的情况进行了讨论,对它们之间的协同进化情况进行了具体的分析。鱼类Ⅱ型干扰素配体与受体在协同系统发生过程中共发生了52次协同进化事件、47次宿主转换事件、7次复制事件、40次丢失事件和8次分化失败事件。最后,本文对鱼类IFN-γ和IFN-γrel在进化过程中所受选择压力的情况进行了对比,发现两者具有显著不同的正选择氨基酸位点,IFN-γ有两个正选择位点处于蛋白的第三与第四α螺旋当中,另一个处在两者的环区中;IFN-γrel有六个正选择位点且全部处于IFN-γrel蛋白质的α螺旋中。这表明两者发生了不同的适应性变化。论文较为系统地研究了鱼类Ⅱ型干扰素及其受体的进化历史,对完善Ⅱ型干扰素在鱼类免疫系统中的功能和地位提供了理论依据,加深了对其在免疫进化过程中结构和功能演变的认识。并且对揭示免疫系统在整个脊椎动物进化过程中所起的作用,特别是对揭示由于水陆环境差异所引起的免疫适应性变化具有重要意义。