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隐孢子虫(Cryptosporidium spp.),十二指肠贾第虫(Giardia duodenalis)以及毕氏肠微孢子虫(Enterocytozoon bieneusi)是常见的可通过食物传播的人兽共患肠道寄生性原虫,均可引起人的不同程度腹泻,尽管大部分病人表现为自限性腹泻,但是对于免疫功能低下的人群可能导致严重的疾病甚至死亡。我国幅员辽阔,有丰富的野生动物物种资源,而庞大的物种多样性也导致人兽共患寄生虫病的传播以及流行情况更加复杂。其中圈养或野生非人灵长类由于具有跟人类更接近的亲缘关系,在这三种肠道原虫的人兽共患传播中起到更为重要的作用,被认为是许多寄生虫的储存宿主。同时,非人灵长类和人类都能共同感染一些特定寄生虫虫种、集聚体类型或基因型,因此,对这些虫种、集聚体类型或基因型的分子进化研究有助于揭示其在人类和非人灵长类之间传播的机制。目前我国在一定程度上对人兽共患寄生虫病的常规诊断和监测以及报告系统不完善,且国内有关于这三种肠道原虫感染非人灵长类和人类的报道较少,从而导致其发病率被低估。为更进一步查明动物园圈养的金丝猴种群中这三种肠道原虫的感染情况,掌握它们在金丝猴种群中的流行病学特征。本研究于2015年6月至11月从北京市动物园、北京野生动物园、上海市动物园、上海野生动物园、山西太原市动物园和安徽铜陵市动物园共采集金丝猴粪便样品160份,通过镜检共在103份样品中发现了6类寄生虫的虫卵、卵囊或包囊,总体感染率为64.4%。6类肠道寄生虫分别为:鞭虫、球虫、阿米巴原虫、隐孢子虫、贾第虫、类圆线虫,它们的感染率分别为:58.8%、13.8%、10.0%、1.9%、0.6%和0.6%。阳性样品中混合感染2种或2种以上寄生虫的样品有30份,混合感染率为29.1%。另外,本研究对160份金丝猴粪便样品提取基因组DNA,对三种肠道原虫基于不同的位点进行巢式PCR扩增。三种寄生虫的总体感染率为52.5%(84/160),隐孢子虫、十二指肠贾第虫以及毕氏肠微孢子虫的感染率分别为5.0%(8/160)、8.1%(13/160)、48.1%(77/160)。通过测序发现感染的隐孢子虫虫种为C.andersoni、C.ubiquitum和C.parvum,G.duodenalis集聚体类型全部为Assemblage B。为查明郑州地区住院儿童三种肠道原虫的感染情况及其流行特征,本研究于2015年12月至2017年1月从郑州市三个医院采集住院儿童粪便样品2284份,利用分子生物学手段进行了检查,发现共有47份样品表现出寄生虫阳性,且不存在混合感染的情况,三种肠道寄生虫的总体感染率为2.06%(47/2284)。其中E.bieneusi感染率最高,为1.18%(27/2284),Cryptosporidium spp.、G.duodenalis的总体感染率分别为0.26%(6/2284),0.61%(14/2284)。在本研究所涉及到的三个医院中,E.bieneusi都是优势寄生虫。在不同疾病背景的住院病人中,消化内科感染率最高,为8.33%,肾脏风湿科次之,感染率为4.98%。为评估动物源及人源的E.bieneusi分离株的潜在人兽共患性威胁,本研究通过对不同E.bieneusi分离株基于其核糖体RNA内部转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)基因型进行系统进化分析,以探究E.bieneusi的不同宿主在其人兽共患传播过程中发挥的作用。本研究共对2284份人类粪便样品,160份金丝猴粪便样品进行检测,在测序成功的97份阳性样品中共有10个基因型,其中金丝猴样品中有7个基因型:5个已经报道的基因型分别为D(n=54)、J(n=14)、CHG1(n=1)、CHG14(n=1)、BEB8(n=2),2个新发现的基因型命名为CM20(n=1)、CM21(n=1)。在人类样品中有5个基因型:D(n=17)、J(n=2)、Pig EBITS7(n=2)、CM8(n=1)、BEB6(n=1)。本研究检测到的10个基因型分别被划分到两个进化枝中,其中BEB8、CHG1、CHG14、J以及新基因型CM20、CM21处于进化树中有一定人兽共患风险的Group 2中。基因型CM8、D和Pig EBITS7在进化树中位于具有高度人兽共患风险的Group 1中。本研究对金丝猴、住院儿童肠道寄生虫感染情况进行了调查,并对动物源和人源E.bieneusi分离株进行了系统发育分析和人兽共患性风险评估,对更好的保护金丝猴并减少肠道寄生虫对金丝猴和人类的威胁有积极意义,并对金丝猴种群以及郑州地区住院儿童中三种人兽共患肠道寄生虫病的防控提供一定的理论参考依据。