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滨海盐沼地区由于其特殊的生境使得生长在其中的植物拥有特殊的遗传特性,从而对DNA条形码的评价产生影响。本研究对53种中国滨海盐沼地区有分布的禾本科耐盐植物的六个片段(ITS、rbcL、maatK、trnH-psbA、rps16、ndhF),以及15种中国滨海盐沼地区有分布的藜科耐盐植物的六个片段(ITS、rbcL、matK、trnH-psbA、trnL-F、atpB-rbcL)进行 DNA 条形码比较评价。经测序共获得ITS片段343条,matK367条,rbcL346条,trnH-psbA362条,rps16226条,ndhF190条,trnL-F156条,atpB-rbcL153条。分析得出中国滨海耐盐禾本科植物的最适DNA条形码为ITS,中国滨海耐盐藜科植物的最适DNA条形码为matK。依据最适条形码,分别对禾本科的毛秆野古草(Arundinella hirta)、虎尾草(Chloris virgata)、龙爪茅(Dactyloctenium aegyptium)、升马唐(Digitaria ciliaris)、牛筋草(Eleusine indica)、白茅(Imperatacylindrica)和狗尾草(Setaria viridis),以及黎科的藜(Chenopodium album)、灰绿黎(Chenopodium glaucum)和土荆芥(Dysphania ambrosioides)等10个广布种进行取样策略分析,发现以内陆样品为基础,增加滨海盐沼地的取样,毛秆野古草、升马唐、牛筋草、白茅、狗尾草和灰绿藜等6种的单倍型数量增加;种内遗传距离检测发现,上述6个物种在PCA图中明显表现出增多的分布点;Mann-Whitney检验结果显示升马唐、牛筋草、白茅、狗尾草不同取样区域种内遗传距离分布格局差异显著(P<0.01)。这些结果表明增加特殊生境取样会更好地揭示种内的遗传差异,将对广布种DNA条形码的应用产生积极影响。随机取样检验结果显示随着取样量逐渐增加,平均种内遗传距离显著聚集,其中虎尾草、灰绿藜、土荆芥取样达到11个样品时,狗尾草取样达到13个样品时,牛筋草、白茅、藜取样达到15个样品时,平均种内遗传距离趋于稳定,表明对于全球广布种的DNA条形码研究应将取样量从5-10个扩大到11-15个,并根据不同物种的种内遗传分化程度、生境多样性程度、分布面积等综合考虑最小取样数量。