细粒棘球绦虫有广泛的宿主适应性,在青海地区存在藏羊、牦牛、骆驼、鹿、马、猪和人等易感中间宿主。细粒棘球绦虫在长期的进化演变过程中,由于要与不同的宿主产生最佳的寄生关系,在不同动物体内就有可能产生特异的变异。牦牛作为青藏高原上特有的物种,常年生活在高海拔,低氧、寒冷的环境中,其作为细粒棘球蚴在青藏高原上的特有宿主,是否会产生细粒棘球蚴特有的地方株或基因型,目前很少有人研究。为了探讨青海省祁连县、刚察县、兴海县、海晏县、贵南县、泽库县、达日县和玉树县牦牛源细粒棘球蚴株系间基因序列差异,确定其基因型、地理分布及优势虫株,有效地预防牦牛包虫病的发生。本研究选择线粒体DNA的COI基因和NDI基因,应用特异性引物,PCR扩增,测序,通过分子生物学软件,分析了不同地区牦牛源细粒棘球蚴基因序列的差异,并构建了系统发育树。结果显示,所测定的G1型细粒棘球蚴COI基因序列和NDI基因序列长度分别为324bp和428bp,G6型细粒棘球蚴COI基因序列和NDI基因序列长度分别为380bp和462bp。在上述各县的牦牛体内均发现G1型细粒棘球蚴,仅仅在祁连县的1头牦牛体内发现有G6型的感染。青海地区牦牛源细粒棘球蚴的优势株为G1型,占所检测包囊总数的98.08%,COI基因存在7个不同的基因序列,5个突变位点,占分析位点数的1.54%,各基因序列与GenBank中检索到的细粒棘球蚴普通羊株(G1型)的同源性为99.1%-100%,同时检测的NDI基因存在8条不同的基因序列,7个突变位点,占分析位点数的1.64%,各基因序列与参考序列的同源性为99.2%-100%,对各地分离到的包囊COI基因序列和NDI基因序列分析发现,G1型序列差异较小。G6型细粒棘球蚴的基因序列与参考序列的同源性分别为100%(COI基因)和99.6%(NDI基因)。所测的核苷酸序列中未见插入和缺失,碱基转换数要多于颠换数。根据COI基因序列和NDI基因序列所分别绘制的系统发育树相符。本研究为今后青海省牦牛源棘球蚴的分类提供了分子资料,也为青海省动物包虫病的防治提供了参考。