“物种”对于几乎所有生物学分支来说都是最为基础的概念之一,同时也是最具争议性的概念之一。虽然哲学家们和科学家们都在频繁地使用着这个概念,但是他们对于它的本性究竟是什么却很少达成共识。人们把围绕着它而产生的一系列问题统称为“物种问题”。这其中涉及的一个重要方面就是“物种的本体论地位问题”,它就是：物种究竟是什么呢?是自然类,个体或其他?传统上,对“物种的本体论地位问题”的回答是“生物学本质主义”。生物学本质主义认为物种是自然类,每一物种都由具有共同本质的相似个体所组成,不同物种之间存在着明确的界限,并且每一物种都是恒定不变的。生物学本质主义曾经在生物学中盛行了很长一段时间,直到达尔文进化思想的提出,这种状况才发生改变。达尔文的物种“渐变论”观点认为物种是渐变的,物种间的界限是模糊的。这种观点对生物学本质主义产生了强烈的冲击。随着达尔文思想的不断传播并被人们广泛接受,生物学本质主义逐渐为哲学家们和科学家们所放弃。在当代,生物学本质主义不能兼容于达尔文的进化论已经成为一种“公认观点”。近年来,一些哲学家们吸收新的生物学成果试图在修正传统观点的基础上复兴生物学本质主义。他们提出了一些不同版本的生物学本质主义观点,这些观点在某些方面呈现出与传统的生物学本质主义不同的“新”特征,因而被冠以“新生物学本质主义”之名。其中的主要观点有,DNA条形码理论、历史本质主义、关系本质主义和混合的生物学本质主义等。这些不同版本的新生物学本质主义在复兴生物学本质主义的过程中大致采取了三种不同的进路：第一种以DNA条形码理论为代表,它放弃了传统上以形态特征和生理特征作为物种本质的观点,尝试以更为基本的基因属性作为物种本质来复兴本质主义；第二种进路以历史本质主义和关系本质主义为代表,它们放弃传统上以内在属性作为物种本质的观点,尝试以关系属性作为物种本质,从而开辟了复兴生物学本质主义的新路线；第三种进路以混合观点为代表,主要有内在生物学本质主义和稳态属性簇理论,它们可以视为前两种进路的混合。这三种进路看似为生物学本质主义的复兴带来了希望,然而,实际上它们都存在着各自的缺陷以致并没有真正完成复兴生物学本质主义的使命。新生物学本质主义之所以失败的原因在于,新生物学本质主义的本体论预设与现代生物学实践之间所存在的冲突。这种冲突在更深的层次上表现为生物学与本质主义之间的张力。我在分析生物学本质主义的起源的基础上指出,传统的生物学本质主义可能对物种的实在本性做出了错误的断言,而新生物学本质主义又延续了这种错误,这才造成了生物学与本质主义之间的张力。现代生物学家们对物种的本性的理解进一步印证了我们的猜测。现代生物学家们与生物学本质主义者们在如何理解物种的本性的问题上持有完全相反的看法。前者认为物种是“个体”,物种的不同成员是“异质的”,它们通过因果关系联系在一起；而后者认为物种是“类”,物种的不同部分是“同质的”,它们必须具有适当的相似性。我认为消除生物学与本质主义之间的张力的最佳方式是放弃生物学本质主义,把物种视为“个体”而非“类”。不过,我们把物种视为“个体”并不意味着物种不能被视为“自然类”。我认为从某种意义上来说这两种理解物种的方式并不是不相容的,它们都可以被整合到对物种的本性的理解中。这种整合的结果是,我们获得了关于物种的本性的新理解。那就是,物种可以被视为“异质类”。这个概念不仅允许我们把物种视为“个体”,而且也允许我们把物种视为“类”。这种对物种的本性的新理解在放弃生物学本质主义的同时,保留了以“自然类”来理解物种所具有的认识论价值。